Der Film spielt zu der Zeit als Shinichi noch ein Schüler war. Seine Klasse plant einen Schulausflug auf einem Boot zu unternehmen. Shinichi lehnt zuerst ab, erhält jedoch noch am gleichen Tag einen Brief von einem Unbekannten. Dieser droht mit einer Entführung auf Wasser und fordert Shinichi auf, ihn zu stoppen. Von der Idee einer Entführung auf einem Boot gereizt, nimmt er die Aufgabe an.

Alles begann mit einem harmlosen Streit zwischen Nodame und Chiaki, der eigentlich schnell vergessen wäre, wenn es sich bei den beiden nicht um zwei Dickköpfe handeln würde. Nur um Chiaki zu ärgern, willigt Nodame einem Date mit Lucas Beaudry ein, der schon lange mehr für sie empfindet und inzwischen nicht mehr das Kind ist, das nur ein wenig Zeit mit ihr verbringen möchte. Aber auch Chiaki trifft sich mit einem Mädchen, ohne Nodame davon in Kenntnis zu setzen.

Nach einem verlorenen Kampf und einer unheilvollen Diagnose stolpert Boxer Leo wie betäubt durch das nächtliche Tokio. Dort trifft er zufällig auf das drogensüchtige Callgirl Monica. Leo ahnt zu diesem Zeitpunkt noch nicht, dass ein korrupter Polizist, die Yakuza und eine Auftragskillerin der chinesischen Triade eine blutige und bleihaltige Nacht einläuten werden ...

Der Film beginnt mit einem durchs Wasser treibenden Ei. Bald taucht ein U-Boot auf und es schnappt sich das Ei mit einem Greifarm. Der Kapitän darin freut sich schon darauf, das all seine Wünsche in Erfüllung gehen. Kaum hat er fertig gesprochen, schnappt sich ein U-Boot-Mitglied das Ei. Hier handelt es sich um den Pokémon Ranger Jackie. Er flüchtet mit dem Ei und fängt sich ein Mantax mit seinen FangKom und reitet darauf davon. Damit keiner nachkommt, verpasst Mantax dem Boot noch einen Konfustrahl.

Die Hightech-Stadt Larousse City ist ein eindrucksvoller Ort für Besucher – und gleichzeitig der optimale Ort für einen Pokémon-Kampf! Ash begibt sich direkt zum berühmten Duellturm, aber es läuft nicht besonders gut, denn sein Kampfpartner ist ein verängstigter Junge namens Tory. Aufgrund eines traumatischen Ereignisses in seiner Kindheit fürchtet Tory sich vor allen Pokémon, sogar vor so niedlichen wie Pikachu! Doch wirklichen Grund zur Furcht gibt es, als Deoxys auftaucht und die Kontrolle über Larousse City übernimmt, wobei es alle Maschinen abschaltet und die ganze Stadt als Geisel festhält. Das Legendäre Rayquaza findet das gar nicht witzig und versucht, den Eindringling aus seinem Territorium zu vertreiben! Ash, Tory und ihre Freunde stecken mitten drin in dem Schlamassel, und tun ihr Bestes, um die bedrohte Stadt zu retten!

Vor Hunderten von Jahren wurden der Cameran-Palast und seine Bewohner durch ein edles Opfer von Sir Aaron, einem Aura-Ritter, gerettet. Seit jenem Tag ehren die Menschen seine Taten mit einem alljährlichen Fest. Ash interessiert sich nur für den dort veranstalteten Pokémon-Wettbewerb! Aber als er siegt und gebeten wird, die zeremonielle Rolle des Aurawächters zu übernehmen, wird die Bedeutung von Aaron offensichtlich – vor allem, als Lucario aus Aarons Stab herauskommt! Dieses lang verschollene Pokémon sieht Aaron jedoch keinesfalls als Held, denn Lucario erinnert sich nur daran, dass es einst von diesem Menschen betrogen wurde! Nach all dieser Zeit ohne Kampf wird es aufgefordert, ein Held zu sein. Denn Mew ist aufgetaucht und hat Pikachu und Mauzi zum Baum des Lebens entführt und nur Lucario kennt den Weg dorthin! Kann Lucario sein Misstrauen gegenüber den Menschen ablegen, um Ash und seinen besten Freund wieder zu vereinen?