Perfect Blue begleitet Mima Kirigoe, die, um ihre Karriere voranzutreiben, die J-Pop-Gruppe CHAM! verlässt und sich stattdessen der Schauspielerei widmen will. Entgegen dem Rat ihrer Managerin nimmt sie eine Rolle in einem Krimi an, die sie zwar von dem niedlichen, sauberen Idol-Image befreien soll, ihr aber auch psychisch stark zusetzt. Auf dem Weg nach Hause sieht Mima ein Mädchen, das wie sie aussieht, gekleidet in ihrem Idol-Kostüm, und sich als die „echte Mima“ bezeichnet. Im Internet findet sie eine Seite, die ihre intimsten Gedanken preisgibt. Noch dazu kommen immer aggressiver werdende Briefe von Fans, die sich einfach nicht mit ihrem Image-Wechsel abfinden wollen und sogar beginnen, Mima zu stalken. Sie muss am eigenen Leib feststellen, wie brutal das Filmbusiness ist, und als dann auch noch CHAM! den langersehnten Durchbruch schaffen – ohne sie – scheint sich in Mimas Leben nichts mehr am rechten Ort zu finden. Die Realität entgleitet ihr mehr und mehr…

Wir schreiben das Jahr 1999, das Jahr in dem ein unerbittlicher Kampf das Millennium einleiten und zugleich das Schicksal aller Lebewesen besiegeln soll. Ohne es zu ahnen setzt Kamui Shirô durch seine Rückkehr nach Tôkyô die unaufhaltsamen Räder des Schicksals in Bewegung. Im Krieg der "Sieben Boten", deren einziges Bestreben es ist, die Menschheit zu vernichten, um die Erde zu reinigen, gegen die Verteidiger der menschlichen Zivilisation, die so genannten "Sieben Siegel", muss Kamui eine schicksalhafte Entscheidung fällen ...

Yoris Verhalten hat sich plötzlich verändert. Er und seine Zwillingsschwester Iku waren früher einmal unzertrennbar, aber nun benimmt sich Yori komisch und versucht Abstand zu Iku zu halten. Iku macht sich Sorgen, denn sie glaubt, dass ihr Bruder sie nicht mehr liebt, aber die Wahrheit ist viel skandalöser. Denn Yori würde alles dafür geben, wenn seine Schwester nur ihm gehören könnte. Iku liebt ihren großen Bruder so sehr, dass sie alles dafür tut, um ihn nicht zu verlieren … Aber Yori hält von ihren Versuchen nichts, denn er möchte sie anders. Anders als ein Bruder seine Schwester haben will. Kann Iku ihren Bruder jemals so lieben?