Weil ihr Vater nach Sapporo zieht, leben die beiden Geschwister Yuto und Erika alleine. Obwohl sie Bruder und Schwester sind, sind beide nicht blutsverwandt. Als Yuto ein Kind war, starb seine Mutter und sein Vater heiratete erneut. Dadurch bekam er eine Stiefmutter und eine Schwester namens Erika. Die Mutter war sehr freundlich zu Yuto und hatte großen Einfluss auf ihn, doch auch sie starb. Infolgedessen leben die beiden Jugendlichen allein und sind so ständig beisammen, wodurch sie sich immer näher kommen und letztendlich ein Paar werden. Doch bald bemerkt Yotus Kunstlehrerin die Beziehung und ihre Neugier stellt eine große Gefahr für die junge Liebe dar.

Im zweiundzwanzigsten Jahrhundert leben die Menschen nach der Zerstörung der Erde in Kolonien im Weltraum. Bei einem Schulausflug zu einer anderen Kolonie, geraten Luna und ihre Klassenkameraden in einen Gravitationssturm, der ihre Rettungskapsel vom Schiff trennt und sie in den Weltraum schleudert. Sie finden sich in der Umlaufbahn eines ihnen fremden Planeten wieder. Ihre einzige Möglichkeit ist es, dort notzulanden und auf Rettung zu hoffen. Auf sich allein gestellt, müssen sie sich mit der ihnen unbekannten Natur arrangieren und tagtäglich um Nahrung und ihr Überleben kämpfen, zumal es so scheint, als ob keine Hilfe in Sicht sei.

Wir schreiben das Jahr 2071: Meteoritenschauer haben die Erde unbewohnbar gemacht und den Menschen dazu gezwungen, seinen Lebensraum auf die Planeten des Sonnensystems auszubreiten. Durch die Erfindung des so genannten „Gateways“ stehen interplanetarische Reisen an der Tagesordnung, und die Kolonisierung des gesamten Universums scheint in greifbare Nähe gerückt zu sein. In dieser neuen Welt, in der vor allem die Macht des Geldes herrscht, durchqueren die beiden Kopfgeldjäger Spike Spiegel und Jet Black den Weltraum an Bord der Bebop. Gemeinsam gehen sie auf Verbrecherjagd, aber nicht etwa, um den galaktischen Weltfrieden zu sichern, sondern in erster Linie, um mit dem erbeuteten Kopfgeldern ihren Kühlschrank aufzufüllen. Wenn sie gerade nicht auf einer Mission sind, verbringen sie ihre Tage friedlich …