Naruto Shippuuden knüpft direkt an die Rückkehr Narutos und seines Lehrers Jiraiyas von ihrer Trainingsreise an. Zweieinhalb Jahre sind seitdem vergangen. In Shippuuden erlangt die geheime Ninja-Organisation Akatsuki mehr und mehr an Bedeutung, denn diese ist hinter Naruto bzw. dem in ihm wohnenden Dämon her. Zusammen mit seiner Freundin Sakura und dem Meister Kakashi ruft Naruto das Team Kakashi ins Leben. Und so nimmt der Kampf zwischen den beiden rivalisierenden Teams seinen Lauf.

Es war das Jahr 1999, als ein großes außerirdisches Kampfschiff auf die Erde fiel und überlegene Technologien mit sich brachte, welche zum Auslöser des Krieges zwischen U.N. und Anti-U.N. wurden. Acht Jahre strichen ins Land und so viele erfahrene Piloten waren inzwischen gefallen, dass selbst Jungen im Teenageralter auf das Schlachtfeld geschickt wurden, um den Krieg weiter zu führen. Shin Kudou, ein Junger U.N. F-14 Pilot und der Hauptcharakter der Geschichte, wird von einer unbekannten Feindeinheit während eines Einsatzes abgeschossen und landet auf einer einsamen Insel. Zufälligerweise wird eine anormale Energiereaktion auf der Insel festgestellt und diese Energiereaktion könnte von der in der Technologie überlegenen Hinterlassenschaft der Protoculure herführen, welche von den Außerirdischen in längst vergangenen Zeiten auf die Erde gebracht wurde. Diese technologische Hinterlassenschaft ist dem vor acht Jahren gefundenen Kampfschiff sehr ähnlich. Nun invasieren sowohl die U.N. als auch die Anti-U.N. die Insel, um nach der Hinterlassenschaft und der überlegenen Technologie, die es besitzt, zu suchen...