Zur Zeit des Muromachi-Shogunats überzieht ein lang anhaltender Krieg das Land. In den Wäldern des weitestgehend unerforschten Kinokuni-Gebiets leben die Saika Ikki, gefährliche Söldner, bewaffnet mit Schusswaffen, die sich unter der Yatagarasu-Flagge um ihren Anführer Magoichi versammeln. Das Schicksal bringt ihn mit einem Mann namens Saburo zusammen, der bisher vor allem damit beschäftigt war, Hinomoto vor der Invasion der Europäer zu beschützen. Gemeinsam stellen sie sich den Feinden und kämpfen gegen die Gefahr, die ihr Land bedroht.

In »Hakuoki: Demon of the Fleeting Blossom«, der Adaption des gleichnamigen Otome-Games, macht sich die junge Chizuru Yukimura auf die Reise von Edo nach Kyoto, um ihren verschwundenen Vater zu suchen. Doch dort begegnet sie den Mitgliedern der berüchtigten Shinsengumi und wird in die politischen Geschehnisse, die sich in der Mitte des neunzehnten Jahrhunderts abspielen, verstrickt.