Die Geschichte von Simoun spielt auf einem anderen Planeten als der Erde. Auf dieser Welt werden alle Menschen als Frauen geboren und erst wenn sie 17 werden, müssen sie sich entscheiden, ob sie auch weiterhin als Frau existieren wollen oder ein Mann werden. Das friedliche, von seinen Priesterinnen beherrschte, Land Daikūriku wurde von seinen Nachbarländern angegriffen. Diese verschmutzten Industrienationen haben es auf die fortschrittliche Technologie der Simoun abgesehen. Dabei handelt es sich um Fluggeräte, welche sich durch unbekannte Kräfte in der Luft bewegen und im Luftkampf jedem Gegner weit überlegen sind. Nur die die Priesterinnen der Sibyllae, welche diese Umwandlung noch nicht vollzogen haben, sind in der Lage die Simoun zu fliegen. Jeweils zwei von ihnen steuern einen Simoun und je zwölf Piloten bilden eine Einheit, den sogenannten Chor. Zusammen müssen sich die jungen Priesterinnen den Gefahren des Krieges und den Konflikten innerhalb ihrer Einheit stellen.

„Shikabane“ (die Untoten) sind der Schrecken der Lebenden, aber die „Shikabane Hime“ (Leichen-Prinzessinnen) sind der Schrecken der Untoten. „Wir existieren nur zu einem Zweck - um Untote zu vernichten.“ Genau so würde Makina sich selber beschreiben, denn sie ist eine Shikabane Hime. Die Leichen-Prinzessinnen werden üblicherweise vom Daigensui (Generalissimus) des Shingon-Buddhismus zugehörigen Kougonshyuu-Ordens erschaffen, indem die Leiche eines jungen Mädchens wiederbelebt wird. Aus bisher ungeklärten Gründen hat unsere Heldin, Hoshimura Makina, wahrscheinlich nach ihrem Tode einen Pakt mit diesem Orden geschlossen. Nun ist sie dazu gezwungen, sich eine Treppe aus den Leichen 108 Untoter in den Himmel zu bauen, bevor sie in Frieden ruhen darf. Dabei steht ihr der Lebemann-Mönch Tagami Keisei, ein Mitglied des oben genannten Ordens, zur Seite.