Nach dem mysteriösen Selbstmord des jungen Computerspezialisten Taguchi forschen seine Freunde nach dem Grund seines plötzlichen Todes. In Taguchis Wohnung stoßen sie auf eine Diskette, deren Inhalt der kleinen Gruppe Rätsel aufgibt. Es öffnet sich eine skurrile Website, auf der sich eine schockierende Szenerie aus Tod, Verzweiflung und Einsamkeit abspielt. Woher kommen diese Aufnahmen, wer sind diese einsamen Seelen, was vernichtet das Leben in Tokyo? Taguchis Freunde ahnen nicht, dass auch sie schon bald in eine Apokalypse aus Einsamkeit und Tod geraten...

Ein junges Mädchen wird ins Krankenhaus eingeliefert. Als eine Ultraschalluntersuchung ergibt, dass sich in ihrem Inneren etwas bewegt, operiert ein Chirurg. Die überraschten Chirurgen sehen sich nicht etwa einem Baby gegenüber, sondern dem abgetrennten Kopf eines wunderschönen Mädchens. Ihr Name ist Tomie, und sie ist dabei, sich zu regenerieren. Auch wenn Sie es versuchen, Tomie kann nicht getötet werden. Sie wird zurückkehren, um zu verführen und zu töten. Der mit Tomies Blut infizierte Chirurg verschwindet und überlässt seine Tochter Yumi dem Versuch, Tomies Identität herauszufinden und das Geheimnis des Verschwindens ihres Vaters zu lösen.