Eine Serie brutaler und wahllos scheinender Angriffe erschüttert die Ordnungshüter von Tokio. Genaue Angaben zum Täter kann keines der traumatisierten, jedoch nach der Tat seltsamerweise auch erleichtert scheinenden Opfer machen. Allen Beschreibungen gemein ist jedoch die Tatsache, dass es sich bei dem mysteriösen Angreifer um einen Jungen mit Rollerblades und einem goldenen Baseballschläger handeln soll. Die beiden ermittelnden Polizisten Ikari und Maniwa merken nach anfänglicher Skepsis schnell, dass es bei diesem Fall nicht mit rechten Dingen zugeht. Das erste Opfer des mittlerweile schon zu einer modernen Legende gewordenen Attentäters “Shounen Bat”, die erfolgreiche, jedoch unter enormen Erfolgsdruck stehende Charakterdesignerin Tsukiko Sagi, hütet vor den Polizisten ein schreckliches Geheimnis…

Deutschland, 1986. Dr. Kenzo Tenma ist Neurochirurg in einer Düsseldorfer Klinik. Eigentlich ist es der perfekte Job für einen Arzt wie ihn, wenn es da nicht seine Vorgesetzen gäbe. Mehrfach muss er einflussreiche Patienten bei der medizinischen Versorgung vorziehen. Eines Tages werden zwei Geschwister in die Klinik eingeliefert, die am Schauplatz eines Verbrechens aufgefunden wurden. Der Junge, Johann, schwebt in Lebensgefahr, doch Tenma soll stattdessen einen bekannten Politiker operieren. Er widersetzt sich den Anweisungen seines Oberarztes und operiert das Kind. Ein verhängnisvoller Fehler, den er später bereuen wird, denn Johann ist kein normaler Junge. Kurze Zeit später werden Tenmas Vorgesetzte ermordet und die Kinder, Johann und Anna, sind spurlos verschwunden.

Während sie im Freien ein Bild malt, sieht die Künstlerin Emu Hino, wie der Profikiller Yô einen Yakuza-Gangster tötet. Der Killer, auch als "Crying Freeman" bekannt, da ihm Tränen übers Gesicht laufen, wenn er jemanden getötet hat, läuft weg, aber Emu weiß, dass er sie als Zeugin ebenfalls töten wird. Als er sie tatsächlich zu diesem Zweck aufsucht, bittet sie ihn, vorher mit ihr zu schlafen, da sie nicht als Jungfrau sterben will. Das führt dazu, dass sich Yô in Emu verliebt. Da ihm kein Gegner gewachsen ist, etabliert sich Yô bald in der Führung seiner Organisation, der "108 Drachen". Er und Emu erhalten die chinesischen Namen Long Tai-Yang und Hu Qing-Lan, nach den Wörtern für Drache und Tiger, die sie auch als Tätowierungen auf der Haut tragen. In dieser Eigenschaft müssen sie sich zahlreicher Angriffe gegnerischer Mafia-Banden, aber auch aus ihren eigenen Kreisen erwehren.

Im Kampf gegen Kriminalität und Cyber-Terrorismus stehen Sektion 9 und Major Motoko Kusanagi vor einem großen Fall: Der „Lachende Mann“, ein mysteriöser und altbekannter Hacker, ist wieder aufgetaucht und sorgt für Angst und Schrecken. Kusanagi und ihr Team geraten immer tiefer in einen Strudel aus Gewalt, Korruption und Verrat, der auch nicht vor höchsten Regierungskreisen haltmacht. Und auch an anderer Stelle sieht sich Sektion 9 mit Ausbrüchen von Gewalt konfrontiert: Die terroristische Gruppierung der „Unabhängigen Elf“ treibt ihr brutales Unwesen! Ist es noch möglich, die Bedrohung aufzuhalten und die wahren Absichten der Terroristen zu ermitteln? Doch diesmal ist Kusanagi selbst tiefer in den Fall involviert, als sie je hätte ahnen können…