Universal Century 0079. Eine der sieben Weltraumkolonien führt einen Unabhängigkeitskrieg gegen die Erdföderation. Der junge Amuro Rey, der in diesen Konflikt heineingerät, muss, unterstützt von einer handvoll Zivilisten, das Steuer eines gigantischen Kampfroboters, dem "Mobile Suit GUNDAM" übernehmen.

Im Jahre 0079 des Universal Century setzt die White Base ihre Reise durch das Weltall fort, verfolgt von den Elitetruppen und den Kommandos des Herzogtums Zion. Amuro und seine Freunde finden sich dabei mitten im Kriegsgeschehen wieder und sind nun direkt mit den Schrecken und der harten Wirklichkeit dieser Auseinandersetzungen konfrontiert.

Im Jahr 0079 des Universal Century befindet sich die White Base wieder auf der Reise durch den Weltraum, um an einer Offensive der föderalen Truppen teilzunehmen, die dem Krieg ein Ende setzen soll. Char Aznable ist Amuro und seinen Freunden noch immer auf den Fersen. Den Helden der Serie gelingt es oft nur knapp den Fallen und Hinterhalten zu entkommen. So geraten sie von einem Abenteuer ins nächste, bis sie schließlich an zwei entscheidenden Schlachten beteiligt sind, die das Schicksal des Universums bestimmen werden. Neu am Kriegsgeschehen beteiligt sind die New Types.

Als Prinz Siegfried einen wunderschönen Schwan mit einer Krone auf seinem Haupt erblickt, fühlt er sich ohne erfindlichen Grund dazu bewegt ihm zu folgen. Er entdeckt, dass der Schwan in Wirklichkeit eine Prinzessin namens Odette ist, die von einem Zauberer verflucht wurde, so dass sie sich am Tag verwandelt. Der Zauberer, Rothbart, will Odette für sich selbst haben und die einzige Möglichkeit den Fluch aufzuheben, ist ein Mann, der sie von ganzem Herzen liebt.

Der letzte Kampf zwischen Amuro Rey und Char Aznable! UC 0093. Dreizehn Jahre sind vergangen seit den Ereignissen in Mobile Suit Gundam und der Krieg zwischen der Erde und den letzten Vertretern der Zabi-Dynastie ist zu Ende. Doch Char Aznable, von dem alle glaubten, er sei tot, kehrt zurück. Er übernimmt die Führung Neo-Zions, einer Gruppierung, deren Ziel es ist, die Bewohner der Erde zu vertreiben. Um die wenigen noch auf der Erde lebenden Menschen in den Weltraum zu verjagen, droht Char damit, einen nuklearen Winter auf der Erde herbeizuführen. Da die Regierung des Staatenbundes Erde nicht auf Char Aznables Forderungen eingehen will, wird die Londo Bell-Einheit unter der Führung von Bright Noah und Amuro Rey damit beauftragt, Chars Pläne zu vereiteln... Vierzehn Jahre sind seit dem Krieg zwischen Zion und den föderierten Truppen der Erde vergangen und für Amuro Rey und Char Aznable nähert sich die Stunde des alles entscheidenden, letzten Kampfes!

Goshu ist Cellist im örtlichen Orchester und lebt in einem kleinen Haus außerhalb der Stadt. Sein Spiel ist jedoch unvollkommen und so beginnt der Dirigent langsam seine Geduld mit ihm zu verlieren, da er das ganze Orchester mit seiner Unzulänglichkeit irritiert. In den nächsten Nächten tauchen in seinem Haus aber plötzlich einige Tiere auf, die ihm verschiedene musikalische Aufgaben stellen. Goshu realisiert zunächst nicht, dass diese seltsamen Lektionen dazu dienen sollen, ihn bis zum großen Konzert in wenigen Tagen von seinen Schwächen zu befreien...

Aqualoid war ein wohlhabender Planet, aber der Angriff einer mysteriösen Lebensform, den Anorganischen, verwandelt ihn in einen postapokalyptischen Schatten seines ehemaligen Selbst. Als Nam ein mysteriöses Schwert findet, ist er plötzlich Ziel einer planetenweiten Verfolgungsjagd. Mit den Anorganischen im Nacken ist die Frage: Schaffen es Nam und seine Freunde das Geheimnis des Schwertes zu entdecken und ihre Welt zu retten? Oder werden sie Aqualoid für eine Wiedergeburt des Planeten zerstören?

Auf der Erde leben, unerkannt unter den Menschen, 9 Cyborgs mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Einst haben sie gekämpft, doch nun sind sie frei und führen ein ungezwungenes Leben. Dies ändert sich allerdings als eines Tages ein fremdes Raumschiff auf der Erde notlandet. An Board ist nur noch ein überlebender, ein Junge namens Saba. Dieser warnt den vor einem ultimativen Bösen, genannt Zoa, der mit Hilfe einer mysteriösen Energie das gesamte Universum beherrschen will. Doch bevor unsere Helden noch reagieren können, werden einer von ihnen und ein namenhafter Wissenschaftler, der sich ebenfalls mit der mysteriösen Energie beschäftigt, von Zoas Gehilfen entführt. Also machen sich die restlichen Cyborgs im Raumschiff des Fremden auf den Weg ihre Freunde und das gesamte Universum zu retten.