Takuto Kaneshiro verliert bei einem Labor-Unfall mit einem mysteriösen Wesen alles - die Arbeit, seine Freundin, und wenn nicht sein Leben, dann doch seine Identität. Ab jetzt ist er der Pilot Ryu Soma und Mitglied einer Spezialeinheit, die andere mysteriöse Wesen daran hindern soll, einen bestimmten Ort auf der Erde zu erreichen, den sie alle aus einem unbekannten Grund anstreben. Dabei soll er ausgerechnet mit dem Wesen aus seinem Labor zusammenarbeiten, das er für den Tod seiner Freundin verantwortlich macht ...

Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators aufgrund ihrer Überlegenheit in vielen Bereichen hassen. Der Konflikt eskaliert mit der Vernichtung einer Raumkolonie mittels einer Atombombe durch die Erdallianz. Anfangs zweifelte man nicht an dem Sieg der zahlenmäßig überlegenen Erdallianz, doch die überlegene Technologie der Coordinators macht sie zu ebenbürtigen Gegnern und so stehen seit nunmehr 11 Monaten die Fronten fest und keine der beiden Parteien kann einen Vorteil erlangen.

Das Streben einer Kolonie nach Unabhängigkeit entwickelte sich zu einem totalen Krieg zwischen der Erde und den Kolonien. In acht Monaten unerbittlichem Kampf konnte keine Seite einen Vorteil gewinnen, bis die Kolonien drohten, eine Kolonie auf die Erde stürzen zu lassen, um den blauen Planeten in globales Chaos zu stürzen. Sie wollen die Erde mit aller Macht zur Kapitulation zwingen. Um dieser Bedrohung Herr zu werden, aktivierte die Erdregierung ihre Geheimwaffe, genannt »Mobile Suit Gundam« - ein Kampfsystem, das entwickelt worden war, um den Krieg zu entscheiden. Mit diesem vernichtete die Erde diejenige Kolonie, welche die Erde bedrohte, rief aber damit die größte Tragödie der Menschheit herbei: Unter dem Druck dieser neuen Bedrohung steuerten alle Kolonien auf die Erde zu. An dem Tag, an dem die Kolonien auf die Erde fielen, wurde die Bevölkerung der Erde - 10 Milliarden Menschen - fast vollständig ausgelöscht. Der Krieg endete ohne einen Sieger … 15 Jahre sind seitdem vergangen.