Die Geschichte spielt in Kyoto, dem Kapital des alten Japans. Kyoto ist dabei eine verdorbene und heruntergekommene Stadt zu werden, in der es von egoistischen Samurai und Onmyoji, die nur an politische Macht denken, nur so wimmelt. Um die Sache noch schlechter zu machen, leidet die Stadt unter einer Hungersnot und einer weitverbreiteten Krankheit. Unfähig den Zustand der Stadt länger zu ignorieren, entscheidet das kaiserliche Gericht Minamoto no Raiko zu schicken, einen berühmten Samurai, der für seine Bogenschießkünste bekannt ist. Er soll einen legendären Edelstein finden, der eine mysteriöse Macht haben soll und die Erde retten soll. Aber Raiko wird auch von der Krankheit befallen und so beschließt seine jüngere Schwester Hikaru heimlich die Reise an seiner Stelle zu machen. Hikaru trifft viele Leute und erlebt viele Abenteuer auf der Suche nach dem legendären Edelstein.

Im Kampf gegen Kriminalität und Cyber-Terrorismus stehen Sektion 9 und Major Motoko Kusanagi vor einem großen Fall: Der „Lachende Mann“, ein mysteriöser und altbekannter Hacker, ist wieder aufgetaucht und sorgt für Angst und Schrecken. Kusanagi und ihr Team geraten immer tiefer in einen Strudel aus Gewalt, Korruption und Verrat, der auch nicht vor höchsten Regierungskreisen haltmacht. Und auch an anderer Stelle sieht sich Sektion 9 mit Ausbrüchen von Gewalt konfrontiert: Die terroristische Gruppierung der „Unabhängigen Elf“ treibt ihr brutales Unwesen! Ist es noch möglich, die Bedrohung aufzuhalten und die wahren Absichten der Terroristen zu ermitteln? Doch diesmal ist Kusanagi selbst tiefer in den Fall involviert, als sie je hätte ahnen können…

Nachdem Bon sich versehentlich in einen Fall der Zeit-Patrouille einmischt, muss er gemeinsam mit Agentin Ream unschuldige Menschenleben aus der Vergangenheit retten.

In einem kleinen ländlichen Dorf in Japan lebt ein Clan von Kazetsukai, Personen, die die Macht besitzen, den Wind zu kontrollieren. Taiki, einer der Kazetsukai, verlässt das Dorf und Yukio, die Witwe seines Bruders, um Mathematiklehrer an einer Mittelschule zu werden. Diese Schule besucht auch Nao, Präsidentin des zweiköpfigen Digitalkameraclubs. Nao erfährt von Taikis Macht, als er diese einsetzt, um ihr das Leben zu retten. Sie und ihre Freunde reisen nun in das Dorf der Kazetsukai, um das Geheimnis der Windkontrolle in Erfahrung zu bringen.

Shibuya Yuri war eigentlich ein ganz normaler Highschool-Schüler - bis zu dem Tag, als er, um einen Schulkollegen vor Schlägern zu schützen, unabsichtlich eine Toilette hinuntergespült wird. Er landet dabei aber nicht im Abwasserkanal, sondern im Dämonenreich, in welchem er prompt, aufgrund seiner schwarzen Haare und seinen tiefschwarzen Augen, zum »Maou« (Dämonenkönig) ernannt wird. Von nun an herrscht Yuri als König über das menschenhassende Volk der »Mazoku«. Doch da Yuri selbst ein Mensch ist und ein reines Herz hat, versucht er - ganz anders als seine Maou-Vorgänger - ein guter Dämonenkönig zu werden und Probleme ohne Gewalt zu lösen. Doch wird es ihm mit dieser Taktik auch gelingen den anstehenden Krieg im Dämonenreich zu verhindern? Und was vielleicht noch viel wichtiger ist: Wird Yuri den Mazoku ewigen Frieden mit den Menschen bringen?