In dieser Fortsetzung des ersten Spielfilms bekommen es die Elric-Brüder mit ihrem gefährlichsten Gegner überhaupt zu tun: einem einsamen Serienkiller mit vernarbter Stirn.

Ed Elric (Ryôsuke Yamada) wurde ein staatlicher Alchimist und begab sich zusammen mit seinem Bruder (Atom Mizuishi) auf die Suche nach dem Stein der Weisen, der es ihm theoretisch ermöglichen würde, seine Mutter wiederzubeleben und seinen Körper zurückzuholen. Die Brüder Elric stellen jedoch bald fest, dass sie nicht die einzigen sind, die den Stein in die Finger bekommen wollen.

Nachdem Ken Kaneki zum Halb-Ghul geworden ist, erhält er vom gefährlichen Ghul Shu Tsukiyama eine Einladung. Gemeinsam besuchen sie ein besonderes Restaurant, doch Ken weiß nicht, dass er selbst auf dem Speiseplan steht.

Es sah danach aus, als würde Jake Pentecost eine glorreiche Zukunft als Jäger-Pilot haben und die Menschheit so im gigantischen Roboter vor den riesigen Wassermonstern Kaiju beschützen. Damit hätte er in die Fußstapfen seines Vaters Stacker treten können, der sich im Widerstand gegen die Kreaturen aus einer anderen Welt opferte. Aber weil Stacker in Jakes Schwester Mako Mori mehr Hoffnungen legte und der junge Mann die Erwartungen des Vaters nie zu erfüllen vermochte, schmiss er das Pilotentraining und landete in der Unterwelt, wo er Dieb und Schwarzmarkthändler wurde. Doch die Menschheit braucht ihn im Angesicht einer nie zuvor gesehenen Bedrohung. Mako führt ein neues Team junger Jäger-Piloten an, zu dem auch Jake stoßen soll. Gemeinsam mit seinem Rivalen Lambert, der Hackerin Amara und der ebenso mutigen wie konfliktbeladenen Jules Reyes wird Jake Teil der wichtigen Verteidigungstruppe…

Seiya ist auf der Suche nach seiner entführten Schwester. Über die Runden kommt er, indem er sich gegen Geld auf brutale Kämpfe einlässt. Einer davon, ändert plötzlich alles. Denn Seiya entfesselt auf einmal ihm bis dato völlig unbekannte mystische Kräfte, die ihn schließlich zwischen die Fronten sich bekriegender Heiliger geraten lassen. Doch noch hadert er mit dem für ihn vorgesehenen Schicksal unter den Rittern des Zodiac.

Der Anime-Film Ni no Kuni, der auf der gleichnamigen Spielreihe basiert, erzählt die Geschichte um die drei Kindheitsfreunde Yuu, Haru und Kotona. Yuu ist der beste Schüler an ihrer gemeinsamen Schule und hegt heimlich Gefühle für Kotona, diese ist allerdings bereits mit Haru, Yuus bestem Freund und dem Star-Spieler des Basketballclubs zusammen. Als Kotona jedoch eines Tages plötzlich angegriffen wird, schreiten Yuu und Haru sofort ein, um sie zu beschützen, nur um sich selbst auf einmal in einer Parallelwelt wiederzufinden. So landen die beiden in der magischen Welt »Ni no Kuni« (wörtlich: »Zweites Land«), die sich zwar von ihrer eigentlichen Welt unterscheidet, mit dieser aber dennoch verbunden zu sein scheint.

Der legendäre Schwertkämpfer Kenshin Himura, hat nach der Meiji-Restauration aufgehört, mit dem Schwert zu töten. Er versucht ein friedliches Leben mit Kaoru Kamiya zu führen, die im Dorf eine Schwertkampfschule betreibt. Doch dieses nimmt ein jähes Ende, als sein Lieblingsrestaurant Akabeko zerstört wird. Kenshin Himura findet dort eine Notiz mit der Aufschrift „Jinchū“, die Unheil verspricht.