Dadurch, dass Yuzus Mutter erneut geheiratet hat, muss diese nun eine konservative Mädchenschule besuchen, was nicht nur ihre aufmüpfige und modebewusste Art, sondern auch ihr Vorhaben, endlich einen Freund zu finden, deutlich einschränkt. Doch dabei bleibt es nicht, denn bereits am ersten Tag gerät sie ins Visier der Schülerpräsidentin Mei, die mit ihrer kalten und ordentlichen Persönlichkeit den Gegenpol zu Yuzu darstellt. Bald stellt sich jedoch heraus, dass Mei auch noch ihre neue Stiefschwester ist, woran keine der beiden wirklich Gefallen findet. Doch schon bald merkt Yuzu, dass sich hinter Meis Fassade eigentlich noch viel mehr befindet, als es zunächst scheint …

Sora to Umi no Aida spielt im Jahr 20XX in Onomichi, Hiroshima, wo die Fische aus dem Meer verschwunden sind und nur noch Wale im Ozean leben. Das Ministerium für Fischerei beschließt jedoch, riesige, experimentelle Fisch-Tanks im Weltraum aufzubauen, woraufhin die „Onomichi Universums Fischerei Union“ gegründet wurde, um Fischer auf ihre Aufgaben als „Weltraumfischer“ vorzubereiten. Weibliche Fischer sind dabei am gefragtesten, da diese das gleichberechtigte Arbeitsrecht für Männer und Frauen stärken können. Die Geschichte konzentriert sich dabei auf sechs Mädchen, die ebenfalls das Ziel verfolgen, „Weltraumfischerinnen“ zu werden.