30 Jahre nach dem Scheitern des Space Colonization Program: Die Menschheit ist fast ausgestorben. Ein immerwährender und tödlicher Regen fällt auf die Erde. Menschen, die als »Junker« bekannt sind, plündern Waren und Artefakte aus den Ruinen der Zivilisation. Einer dieser Junker schleicht sich allein in die gefährlichste aller Ruinen – eine »Sarkophag-Stadt«. In der Mitte dieser toten Stadt entdeckt er ein Vorkriegs-Planetarium. Und als er es betritt, wird er von Hoshino Yumemi, einem Begleiterroboter, begrüßt. Ohne den geringsten Zweifel nimmt sie an, dass er der erste Kunde ist, den sie seit 30 Jahren hat. Sie versucht, ihm sofort die Sterne zu zeigen, aber der Planetariumsprojektor ist kaputt. Da er nicht in der Lage ist, aus ihrer Unterhaltung schlau zu werden, erklärt er sich schließlich bereit, den Projektor zu reparieren …

Pepe Benengeli ist ein junger Nachwuchsradfahrer, der im Schatten seines Mannschaftskapitäns steht. Diesen Sommer fährt er die Vuelta, die große Spanienrundfahrt, die die Straßen seines andalusischen Heimatdorfs durchquert. Aufgrund eines unglücklichen Zufalls findet am gleichen Tag die Hochzeit seines älteren Bruders und seiner Ex-Freundin statt. Pepe, der nach der Trennung seine Heimat verlassen hatte, ist allerdings entschlossen, an diesem besonderen Tag alles auf eine Karte zu setzen …

Brunhilde ist ein Fischmädchen, das nicht nur zaubern kann - es ist auch verdammt neugierig. Eines Tages gelingt es ihr, mithilfe einer Qualle an die Wasseroberfläche zu kommen. Doch dort verfängt sie sich in einem Marmeladenglas, aus dem ihr der aufgeweckte Junge Sosuke heraushilft. Der Fünfjährige ist von dem Fischgeschöpf, das er als Goldfisch bezeichnet, sofort angetan, tauft es auf den Namen Ponyo und nimmt es in einem mit Wasser gefüllten Eimer mit zur Grundschule. Menschenjunge und Fischmädchen freunden sich an, doch dann wird Ponyo von ihrem erzürnten Vater ins Meer zurückgeholt. Sie möchte aber unbedingt bei ihrem geliebten Freund Sosuke an der Oberfläche bleiben und selbst ein Menschenkind werden. Also setzt sie ihre magischen Kräfte ein, um zu Sosuke und seiner resoluten Mutter Lisa zurückzukehren, und missachtet dabei die gefährlichen Konsequenzen...