Der Junge Renton Thurston ist der Sohn von Adrock Thurston, der die Menschheit vor einer Katastrophe bewahrte und als Held gefeiert wird. Rentons Vater ist dabei jedoch ums Leben gekommen, was für ihn eine ziemliche Last ist, die er gar nicht tragen will. Er lebt bei seinem Großvater Axel Thurston, der Mechaniker ist und eine Werkstatt hat. Sein Großvater erwartet von ihm, dass er auch Mechaniker wird, um später einmal die Werkstatt zu übernehmen. Renton hat aber andere Pläne. Er möchte mit seinem Board, auf den sogenannten Trapar-Wellen, durch die Luft reiten, wie sein großes VorbildHolland. Dieser ist der Anführer einer Rebellengruppe namens Gekkostate, die mit ihrem Flugschiff Gekko-Go, die Lüfte unsicher machen. Eines Tages stürzt ein durch die Luft surfender Mech in die Werkstatt, der von einem Mädchen mit dem Namen Eurekagesteuert wird...

In einem kleinen ländlichen Dorf in Japan lebt ein Clan von Kazetsukai, Personen, die die Macht besitzen, den Wind zu kontrollieren. Taiki, einer der Kazetsukai, verlässt das Dorf und Yukio, die Witwe seines Bruders, um Mathematiklehrer an einer Mittelschule zu werden. Diese Schule besucht auch Nao, Präsidentin des zweiköpfigen Digitalkameraclubs. Nao erfährt von Taikis Macht, als er diese einsetzt, um ihr das Leben zu retten. Sie und ihre Freunde reisen nun in das Dorf der Kazetsukai, um das Geheimnis der Windkontrolle in Erfahrung zu bringen.