Im Zentrum stehen die FBI-Agenten Dana Katherine Scully und Fox William Mulder die unter ihrem Vorgesetzten FBI Assistant Director Walter Skinner mysteriöse Fälle aufklären sollen. Obwohl die Ansichten der wissenschaftlich arbeitenden Scully und des intuitiv ermittelnden Mulder oft weit auseinander gehen, bilden sie ein hervorragendes Team. Gemeinsam ergründen sie paranormale wie auch außerirdische Aktivitäten. Dabei geraten sie immer tiefer in einen Strudel aus Verschwörungen, in dem das FBI und die amerikanische Regierung eine entscheidende Rolle zu spielen scheinen...

Der Naval Crime Investigative Service wird dann gerufen, wenn Verbrechen begangen werden, die gegen den Uniform Code of Military Justice verstoßen und innerhalb der Navy stattfinden. Das Hauptquartier befindet sich in Washington D.C. und steht unter der Leitung von Special Agent Leroy Jethro Gibbs. Er selbst ist ein Veteran aus dem Irak-Krieg und hat mit moderner Technik wenig zu tun. Aus diesem Grund ermittelt er gemeinsam mit einem Elite-Team, bestehend aus dem Ballistik-Experten Tony DiNozzo, dem Technikspezialisten Tim McGee, der Forensikspezialistin Abby Sciuto sowie dem Gerichtsmediziner Ducky Mallard.

Martin Bohms ist alleinerziehender Vater seines 11-jährigen autistischen Sohnes Jake. Es fällt ihm schwer, eine Verbindung zu dem Jungen aufzubauen, bis er dessen besondere Gabe entdeckt: Jake kommuniziert mit Zahlen statt mit Worten.