Russell Varon (Eddie Cibrian) ist Park Ranger in Homestead, einer Kleinstadt in Florida. Seine beiden Kinder, Jesse (Evan Peters) und Rose (Ariel Gade), leben die meiste Zeit bei ihrer Mutter, Dr. Mariel Underlay (Kari Matchett), die als Ärztin im örtlichen Krankenhaus arbeitet. Mariel ist jetzt mit Sheriff Tom Underlay (William Fichtner) verheiratet, der ebenfalls eine Tochter (Alexis Dziena) aus erster Ehe hat. Auch Russell hat wieder geheiratet: die Reporterin Larkin Groves (Lisa Sheridan), die für einen lokalen Fernsehsender berichtet und mit der Russell sein drittes Kind erwartet. Ihr Bruder Dave (Tyler Labine) ist ein netter Kerl, aber zugleich etwas abgedreht: Er glaubt an die wirrsten Verschwörungstheorien, so z.B. auch daran, dass die Zunahme von Naturkatastrophen in Wahrheit darauf zurückzuführen ist, dass sie künstlich erzeugt werden, um etwas anderes dahinter zu verbergen. Als Homestead durch die Verwüstungen eines Hurrikans von der Außenwelt praktisch abgeschnitten wird, kommt es in der Stadt zu seltsamen Vorkommnissen: Russells Tochter Rose berichtet von Lichtern, die sie im Sturm gesehen hat. Mariel wird am Morgen nach dem Hurrikan nackt in einem See aufgefunden – ohne Erinnerung an das, was in der vergangenen Nacht passiert ist. In der Folge gehen einige merkwürdige Veränderungen in ihr vor. Ihr Mann, Sheriff Underlay, verhängt eine Quarantäne über die Stadt. Russell ahnt, dass etwas nicht in Ordnung ist. Die Erklärungsversuche seines Schwagers über eine Landung Außerirdischer hält er zwar (noch) für Unsinn. Trotzdem beginnt Russell Nachforschungen anzustellen. Dabei findet er nicht nur einen bewusstlosen Marinetaucher, der höchst ungewöhnliche Schnittverletzungen davon getragen hat, sondern gemeinsam mit Dave auch eine halb verweste Wasserleiche, die die dazu passenden Krallen hat...

G. Callen kennt nur den ersten Buchstaben seines Vornamen, als Soldat in einer Undercover-Einheit der „Navy CIS“ aber ist er hervorragend ausgebildet. Gemeinsam mit dem ehemaligen Navy Seal Sam Hanna, der fließend arabisch spricht, geht Callen auf geheime Einsätze. Immer wenn es um die nationale Sicherheit der Vereinigten Staaten geht, sind die beiden Profis zur Stelle. Unter der Leitung der resoluten Henrietta „Hetty“ Lange gibt Callen in jedem Undercover-Einsatz sein Bestes. Überzeugend ist er, da er sich hervorragend in die unterschiedlichsten Charaktere hinein versetzen kann. Nebenbei versucht Callen auch, mehr über seine Vergangenheit, von der er so gut wie nichts weiß, herauszufinden.

Ein neuentdeckter Komet ist im Asteroidengürtel mit dem Asteroiden Orpheus kollidiert. Für die Astronauten der Raumfähre Challenger II endet die Kollision tödlich, da die Raumfähre von einem der Bruchstücke getroffen wird. NASA-Chef Harry Sherwood fühlt sich für ihren Tod verantwortlich, weil sich Challenger II eigentlich auf dem Weg zum Mars befand und von ihm zum Asteroidengürtel geschickt wurde, um dort den neuen Kometen zu beobachten. Ein weitaus größeres Problem ist aber, dass Reststücke von Orpheus auf die Erde zusteuern, darunter ein Meteor von acht Kilometern Breite, dessen Einschlag in sechs Tagen erwartet wird. Findet man bis dahin keine Lösung, hätte das eine globale Katastrophe und eine neue Eiszeit zur Folge.