Die SDF Macross ist das letzte Rettungsschiff der Menschheit auf dem Weg nach Hause. Während eines Angriffs der Zentraedi trifft der Pilot Ichijo Hikaru auf die Sängerin Lynn Minmay. Doch es wäre nicht Macross, wenn da nicht noch eine Dritte im Bunde wäre. Es ist Hayase Misa, sie schließt das Dreieck, das die Hauptgeschichte in diesem Movie ist. Der Film ist eine überarbeitete Zusammenfassung der Serie mit einigen neuen Storyelementen.

In den ersten Tests eines revolutionären Kampfanzuges, dem MADOX-01, demütigt die Spitzenpilotin Elle Kusomoto Leutnant Kilgore, Japans größter Panzer-Fanatiker, indem sie dessen angreifende Einheit vernichtet. Kilgore schwört Rache und schon bald bietet ihm ein Prototyp-MADOX, der aus einem Laster fällt, eine Möglichkeit dafür. Währenddessen findet ein weiterer MADOX, welcher von einem LKW in einen anderen LKW fiel, seinen Weg zum College-Studenten Koji Sujimoto. Koji begeht aber einen schwerwiegenden Fehler und albert mit dem MADOX herum, ohne die Bedienungsanleitung durchgelesen zu haben, was dazu führt, dass er nicht mehr aus dem Anzug herauskommt und mit dem Anzug in der Innenstadt Tokios herumwütet.

Jahre nach den Ereignissen von Megazone 23 Part II, existiert nur noch eine Stadt auf der Erde: Eden. Dort lebt Eiji Takanaka, ein B-Level Hacker welche gerade in EX, die Organisation die Eden kontrolliert, aufgenommen wurde. Noch vor seinem ersten Arbeitstag wird er in einen alten Krieg um die Wiederbesiedlung der Erde verstrickt.