Der Spuk hört nicht auf! Als die junge Alice und ihre Familie neue Nachbarn bekommen, merkt das junge Mädchen gleich, dass etwas mit diesen Leuten nicht stimmt. Vor allem der kleine Sohn der anderen Familie scheint etwas zu verbergen. Als dessen Mutter plötzlich ins Krankenhaus muss, nimmt Alices Mutter den Kleinen bei sich auf und markiert damit den Beginn einer Reihe unheimlicher Ereignisse.

Etwa zehn Jahre nachdem sie es mit dem mächtigen Mutanten Apocalypse aufgenommen haben, sind die X-Men rund um Charles Xavier zu Helden geworden. Doch der damit einhergehende Ruhm steigt dem an den Rollstuhl gefesselten Telepathen zu Kopf, so dass er seine Schützlinge auf immer gefährlichere Missionen schickt. Für ihren jüngsten Auftrag schickt er die X-Men ins Weltall, wo sie verunglückte Astronauten retten sollen. Doch dabei wird ihr Raumschiff von einer Sonneneruption getroffen, die Jean Grey zwar absorbieren und umlenken kann, doch durch die enorme Energie erwacht eine mysteriöse Macht in ihr: die Phoenix Force. Jeans neue Kräfte lassen sich nur schwer kontrollieren und rufen schließlich auch eine außerirdische Gestaltwandlerin auf den Plan, die Jagd auf sie macht…