Nur die Men In Black kennen das bestgehütete Geheimnis der Welt: auf der Erde wimmelt es von Aliens! Außerirdische der unterschiedlichsten Art haben sich, als Menschen getarnt, auf dem Planeten breitgemacht. Einige werden geduldet, andere aufgespürt, gejagt, vertrieben. Und diesen Job erledigen die beiden zähesten unter den Alienjägern, die Agenten Mr. K und Mr. J. Doch dann landet ein intergalaktisches Riesenmonster auf der Erde - sein Ziel: die totale Vernichtung der Welt. Trotz optimaler High-Tech-Bewaffnung haben die beiden Super-Agenten jetzt einen lebensgefährlichen Auftrag. Als sie die Fährte des außerirdischen Eindringlings aufgenommen haben, scheint es fast zu spät zu sein - eine globale Katastrophe bahnt sich an...

Agent J muss die Erde wieder vor einigem Abschaum bewahren, denn in Gestalt des verführerischen Dessous-Models Serleena will ein Alien den Planeten unterjochen. Dabei benötigt J die Hilfe seines alten Partners Agent K. Der wurde aber bei seiner „Entlassung“ geblitzdingst und so muss J seine Erinnerung erst mal etwas auffrischen, bevor es auf die Jagd gehen kann.

Als junges Mädchen beobachtete Molly einen Einsatz der Men In Black. Seitdem ist sie fest entschlossen, die Wahrheit über Aliens und die mysteriösen Männer in den schwarzen Anzügen herauszufinden. Sie sucht nach Antworten und entdeckt schließlich das Hauptquartier der MIB in New York. Dort ist Agent O von Mollys Intelligenz und Fähigkeiten beeindruckt und macht aus Molly Agent M. – Ihr erster Auftrag führt sie nach London, wo sie gemeinsam mit Agent H Vungus, einen Angehörigen des außerirdischen Königshauses treffen. Kurz nach seiner Ankunft wird er in einem noblen Nachtclub ermordet, gibt aber vor seinem Tod noch eine mächtige Waffe an M weiter. Die beiden Geheimagenten vermuten einen Maulwurf innerhalb der MIB-Organisation, der die Information über Vungus' Aufenthaltsort weitergegeben haben muss. Sie setzen nun alles daran, den Mörder und Verräter zu finden, bevor die mächtige Waffe in die falschen Hände gelangt …

In einer Welt in der Puppen als ‚Menschen‘ zweiter Klasse mit eben diesen koexistieren, ist der Privatdetektiv und Ex-Cop Phil Phillips auf der Jagd nach einem Mörder, der bereits seinen Bruder auf dem Gewissen hat. Aktuell hat der Verbrecher es auf die Darsteller der berühmten 80er-Jahre-Fernsehshow „The Happytime Gang“ abgesehen und killt ein Ensemblemitglied nach dem anderen. – Phil sorgte zwar mit einem Fehler einst dafür, dass sämtliche Puppen vom Polizeidienst ausgeschlossen wurden, doch nun sind die Cops auf sein Insiderwissen angewiesen. – Bei den Ermittlungen im düster-versauten Milieu der Puppen stellen Connie und Phil bald fest, dass es der Killer auch auf Phils Ex-Freundin Jenny abgesehen hat …

Ein Tornado wirbelt die Sängerin Dorothy, die von einer Popstarkarriere träumt, und Toto (Pepe, die Krabbe) nach Oz. Dort trifft sie den berühmten Zauberer von Oz, der ihr verspricht, sie zum Superstar zu machen, wenn sie vorher die Bööe Hexe des Westens besiegt. Mit ihren eigenwilligen neuen Freunden, der Vogelscheuche (Kermit), dem Blechmann (Gonzo) und dem ängstlichen Löwen (Fozzi Bär), begibt Dorothy sich auf eine turbulente Reise, bis sie der Hexe höchstpersönlich gegenübersteht. Und die ist keine Geringere als - Miss Piggy!

Weihnachten steht vor der Tür und das Muppet-Theater kurz vorm Bankrott. Selbst der ewig optimistische Kermit würde am liebsten seinen Intendantenposten gegen einen schlammigen Froschteich tauschen. Jetzt hilft nur noch ein Wunder! Himmlische Hilfe naht, um Kermit & Co. das größte Wunder der Welt zu bringen: Freundschaft.

Gonzo fühlt sich allein, obwohl er mit der gesamten glücklichen Muppets-Familie in einer Pension zusammenlebt. Der Grund für seine Einsamkeit ist, dass er der einzige seiner Sorte ist. Doch auf einmal erhält er vom Cornflakes-Alphabeten die Nachricht, dass es noch mehrere seiner Art im Weltall geben soll, die ihn bald abholen. Als er nachts mal wieder die Sterne beobachtet, trifft ihn der Blitz. Auf diese Weise erfährt Gonzo, wie er sein Volk auf sich aufmerksam machen soll: er muss eine Botschaft in den Rasen mähen! Den anderen Muppets gefällt gar nicht, was ihr Freund da tut, sie zweifeln an seiner geistigen Verfassung. Und dummerweise ruft Gonzo mit seiner Aktion auch nicht die Freunde aus dem All, sondern eine für die Alienabwehr zuständige Regierungsorganisation auf den Plan ...