Die Stadt St. Erpelsburg wird heimgesucht von zahllosen Verbrechern und Superschurken. Doch die Stadt hat einen Beschützer, ein Phantom, das der schlimmste Albtraum alles Bösen ist. Die Rede ist von Darkwing Duck, seines Zeichens schwarzbemantelter Superheld und nur manchmal tollpatschig. Unterstützt von seiner Nichte Kiki, Quack, dem Bruchpiloten, und den Enten der Gerechtigkeit erlebt Darwing Duck gefährliche Abenteuer und räumt auf mit dem Verbrechen …

Die Serie spielt in dem fiktiven Stadtstaat Kap Suzette, einer Hafenstadt, welche von riesigen Klippen umgeben ist, die bloß eine kleine Klamm als Weg zum Meer offen lassen. Diese Öffnung wird von der mit Flak-Geschützen ausgestatteten Artillerie vor Luftpiraten beschützt, die versuchen, in die Stadt einzudringen. Der Mietpilot Balu arbeitet für das Luftfrachtunternehmen Höher und Höher von Rebecca Cunningham. Ein Waisenjunge und früherer Luftpirat, Kit Wolkenflitzer, schloss sich Balu an und ist sein Navigator. Zusammen stellen sie die Crew des einzigen Flugzeuges des Unternehmens, einem gelben Amphibienflugzeug vom Typ Conwing L-16 mit dem Namen Seegans, dar.