G. Callen kennt nur den ersten Buchstaben seines Vornamen, als Soldat in einer Undercover-Einheit der „Navy CIS“ aber ist er hervorragend ausgebildet. Gemeinsam mit dem ehemaligen Navy Seal Sam Hanna, der fließend arabisch spricht, geht Callen auf geheime Einsätze. Immer wenn es um die nationale Sicherheit der Vereinigten Staaten geht, sind die beiden Profis zur Stelle. Unter der Leitung der resoluten Henrietta „Hetty“ Lange gibt Callen in jedem Undercover-Einsatz sein Bestes. Überzeugend ist er, da er sich hervorragend in die unterschiedlichsten Charaktere hinein versetzen kann. Nebenbei versucht Callen auch, mehr über seine Vergangenheit, von der er so gut wie nichts weiß, herauszufinden.

In den frühen 1980er Jahren überschwemmt eine regelrechte Kokain-Epidemie die Entertainment-Metropole Los Angeles. Dies hinterlässt auch bei den Einwohnern seine Spuren, die sich auf einem von Gewalt gezeichneten Kollisionskurs befinden: Franklin Saint, ein junger Unternehmer der Straße, der nach Macht dürstet; der mexikanische Wrestler Gustavo Zapata, der zudem in einen Machtkampf in einer kriminellen Familie verstrickt ist; der CIA-Agent Teddy McDonald, der versucht vor einer düsteren Vergangenheit zu fliehen und Luica Villanueva, die selbstsüchtige Tochter eines mexikanischen Drogenbarons.

Für ihren Erfolg und die Erfüllung eines lebenslangen Traums mussten die legendäre mexikanisch-amerikanische Künstlerin Selena und ihre Familie viele Opfer bringen.

Im Zentrum der Geschichte stehen Nathan Rutherford (Ed Helms) und Reagan Wells (Jana Schmieding), deren langjährige Freundschaft auf eine harte Probe gestellt wird. In ihrer Kleinstadt im Bundesstaat New York, die an ein Indianer-Reservat angrenzt, soll eine historische Statue entfernt werden und löst einen Kleinkrieg in der Stadt aus.

Der Naval Crime Investigative Service wird dann gerufen, wenn Verbrechen begangen werden, die gegen den Uniform Code of Military Justice verstoßen und innerhalb der Navy stattfinden. Das Hauptquartier befindet sich in Washington D.C. und steht unter der Leitung von Special Agent Leroy Jethro Gibbs. Er selbst ist ein Veteran aus dem Irak-Krieg und hat mit moderner Technik wenig zu tun. Aus diesem Grund ermittelt er gemeinsam mit einem Elite-Team, bestehend aus dem Ballistik-Experten Tony DiNozzo, dem Technikspezialisten Tim McGee, der Forensikspezialistin Abby Sciuto sowie dem Gerichtsmediziner Ducky Mallard.

Viele Jahre hat Captain Pruitt Herrera die Feuerwache „Station 19“ in Seattle geleitet. Doch nach einem gefährlichen Wohnungsbrand gibt er die Leitung der Wache aus gesundheitlichen Gründen ab. Pikanterweise bewirbt sich nicht nur Herreras Tochter Andy, die am Arbeitsplatz ihres Vaters groß geworden ist, um den Posten, sondern auch ihr Kollege – und Liebhaber – Jack Gibson. Andy bekommt den Zuschlag, und Jack muss damit leben.