Takanashi Rikka Kai: Gekijouban Chuunibyou demo Koi ga Shitai! spielt direkt nach der ersten Staffel und dient als inhaltlicher Übergang zur zweiten. Rikka ist durch verschiedene Umstände, die sich durch das Ende der ersten Staffel ergeben, nun obdachlos und so stehen Rikka und Yuuta vor der Herausforderung eine neue Wohnung für sie zu finden. Das Problem ist aber schnell gelöst und Rikka zieht mit Yuuta zusammen. Währenddessen werden die Ereignisse der ersten Staffel noch einmal aus Rikkas Perspektive erzählt, zusammen mit einigen neuen Elementen.

Ikoma und die Eiserne Festung verlegen ihren Kampf auf das Schlachtfeld von Unato, wo sie einem Bündnis beitreten, das die Region von den Kabane zurückerobern will.

In naher Zukunft kommunizieren die Menschen in der Regel über Monitore und zwischenmenschliche Interaktion wird zu einem immer selteneren Ereignis für die in einer fast totalitären Gesellschaft lebenden Bürger. Die Monitore sind dabei nicht nur ein Fenster in die Welt für die Bewohner, sondern auch ein Fenster in die Häuser für den Staat, der seine Bürger auf Schritt und Tritt überwacht. Hazuki Makino ist geprägt von diesem System, fällt es der Schülerin doch schon schwer reale Beziehungen aufzubauen. Als Yuuko Yabe, eines der Mädchen aus ihrer Schulgruppe, verschwindet, kommt es zufällig dazu, dass sie Kontakt mit den anderen Mitgliedern derselbigen aufnimmt, namentlich Mio Tsuzuki, einer Hackerin, und Ayumi Kouno, die wenig Interesse an ihren Mitmenschen zeigt. Gemeinsam versuchen sie hinter das Geheimnis von Yuukos Verschwinden sowie einer Reihe von damit in Verbindung zu stehen scheinenden Morden an High School Schülern zu kommen.

Love, Miki und Inori sind gerade auf dem Weg zu einem Tanzwettbewerb, doch als sie noch Minato Mirai abholen wollen, verlaufen sie sich. Als sie auf der Suche nach dem richtigen Weg sind, werden die Mädchen von einem Monster angegriffen. Die drei Mädchen beginnen zu kämpfen und werden dabei von anderen Precures unterstützt. Sie alle müssen ihre Kräfte bündeln, um gegen diesen starken Gegner eine Chance zu haben. Werden es die Mädchen schaffen?

Nachdem sie die Probleme im Labyrinth-Königreich gelöst haben, leben Love Momozono und ihre Freunde ein glückliches Leben und führen ihr Tanztraining fort. Doch plötzlich verschwinden die Spielzeuge der Kinder aus der Stadt und die Mädchen willigen ein, bei der Suche nach ihnen zu helfen. Love Momozonos Stoffhase erwacht plötzlich zum Leben und erzählt den Cures, dass Toymajin für alles verantwortlich ist. Die Mitglieder der Fresh Pretty Cure reisen dann ins Königreich der Spielzeuge, um die Lage zu retten.

Tsubomi Hanasaki wird eines Morgens von ihrer besten Freundin Erika Kurumi geweckt mit der schlechten Nachricht, dass ihre Feen Coffret und Shypre verschwunden sind! Diese haben jedoch eine Nachricht hinterlassen, dass sie im Fairy Park zu finden sind. Dort wollen sich heute am Eröffnungstag auch alle anderen PreCures nach langer Zeit treffen. In dem Themenpark befindet sich der »Regenbogen Juwel«, ein wertvoller Edelstein, welcher alle Hoffnungen und Träume der Menschen auf der ganzen Welt widerspiegelt. Kein Wunder, dass sich die bösen Mächte diesen mächtigen Stein zu Nutze machen wollen und den Stein in ihren Besitz bringen möchten. Wird es den vereinten Kräften der PreCures gelingen den Stein zu beschützen?

Als Hibiki und Kanade in einem großen Einkaufszentrum unterwegs sind, fangen die verschiedenen Welten der Feen plötzlich an, mit der Erde zu verschmelzen. Eine dunkle Macht hat es auf die Prisma Blume abgesehen, welche die verschiedenen Welten miteinander verbindet. Sämtliche Precures müssen sich altbekannten Gegnern stellen und letztendlich eine schwere Entscheidung treffen.

Ayumi Sakagami, ein Mädchen das PreCures anhimmelt, ist ständig alleine, da sie zu schüchtern ist und ihr der Mut fehlt, um ihre Klassenkameraden anzusprechen. Jedoch lernt sie eines Tages Fuu-chan kennen und sie freunden sich miteinander an. Fuu-chan ist ein Überbleibsel der Fusion Foe, welche schon in Eiga Precure All Stars DX: Minna Tomodachi - Kiseki no Zenin Daishuugou von den Precure Magical Girls besiegt wurden. Nachdem Fuu-chan Ayumis Vorliebe für PreCures bemerkt, welche für ihre aktuell kleinere Körpergröße verantwortlich sind, entschließt sie sich, ihre alte Form zurückzuerlangen und Yokohamas Minato Mirai Bezirk in die totale Dunkelheit einzuhüllen.

Enen und Gureru, werden vom Direktor ihrer Feenschule damit beauftragt, Informationen über das neue PreCure Team »Happiness Charge« zu sammeln. Dabei bekommen sie tatkräftige Unterstützung, von Mana und ihren Freunden, deren Feen, einen guten Kontakt zu Ribbon haben, dem Partner des Teams, dass die beiden suchen. Doch bei ihrer Suche, stoßen sie noch auf ein anderes seltsames Vorkommen, denn alle Kinder verfallen plötzlich in einen mysteriösen Schlaf und wachen nicht mehr auf. Nun liegt es an Pretty Cure herauszufinden, was genau da vor sich geht und die Kinder davor zu retten.

In Harmonia, dem Land des Gesangs und Tanzes, wird ein Frühlingskarneval veranstaltet. Haruka Haruno und ihre Freunde besuchen ebenfalls dieses Land, um an dem Karneval teilzunehmen und möchten von ihren älteren Precure-Kriegern das Singen und Tanzen lernen. Plötzlich verschwinden die Feen von Precure und der gesamte Karneval gerät in ein einziges Durcheinander. Noch schlimmer ist aber, dass die beiden Ansager Odoren und Utaen sich sehr verdächtig verhalten und der Wächter-Drache von Harmonia wütend wird und randaliert. So stürzt dieser nicht nur das fröhliche Fest ins Chaos, sondern auch das gesamte Land. Um den Frieden in Harmonia nun wiederherzustellen, müssen die 40 Precure-Krieger zusammenarbeiten, um ein Wunder voller Gesang und Tanz zu erschaffen.

Nach langer Zeit besuchen Mirai, Riko und Mofurun mal wieder die Menschenwelt ‒ auf der Suche nach einem weiteren Link Stone. Rein zufällig begegnen die drei Haruka und ihren Freundinnen, woraufhin nur kurze Zeit später die Hexe Dyspear, eine Gegnerin von Harukas Precure-Team, auftaucht und die Mädchen sich gezwungen sehen, zu kämpfen. Kaum von dem Kampf erholt, wartet bereits der nächste Ärger! Trauuma, ein Untergebener der Hexe Solcieel taucht auf und berichtet darüber, dass sie hinter den Tränen der Precure her sind. Nach einem Kampf teleportiert Trauuma die Mädchen in seine Welt, wo sich vor allem Mirai und Riko plötzlich getrennt voneinander wiederfinden. Um dem Unheil zu entgehen, welches die Precure noch erwarten wird, müssen Mirai und Riko wieder zueinander finden und auch die übrigen Precure-Kriegerinnen retten.

Biba Amatori, der Anführer des Bunds der Jäger, entpuppt sich als Mumeis „großer Bruder“. Obwohl er als Held gefeiert wird, der überall im Land gegen die Kabane ins Feld zieht, ist Ikoma wenig begeistert und vermutet, dass Biba irgendetwas im Schilde führt. Im Bahnhof Iwato, der letzten Festung vor Kongokaku, ist man ebenfalls skeptisch. Und tatsächlich: Als man sich entschließt, den Bund der Jäger zu empfangen, endet der Besuch in einem Blutbad – und einer Invasion der Kabane. Auf dem Weg zum Sitz des Shoguns beginnen sich nun auch die anderen zu fragen, welches Ziel Biba eigentlich verfolgt. Denn wozu hält er eine Horde Kabane in einem Waggon der Triumphierenden Festung gefangen? Und was genau hat er mit Mumei vor? Wird es Ikoma doch noch gelingen, sie aus den Fängen ihres Bruders zu befreien?

Stark, erbarmungslos, blutrünstig: Zur Zeit der industriellen Revolution hat ein Virus die Menschen im feudalen Hinomoto in Kabane, lebende Leichen, verwandelt. Die Überlebenden haben sich in Bahnhöfen verschanzt, die nur durch gepanzerte Zugfestungen erreicht werden können. Als eines Tages eine Dampflok voller Kabane in den Bahnhof Aragane rast, infiziert sich ein Großteil der Bevölkerung durch die Bisse der untoten Monster. Auch Dampfschmied Ikoma wird von einem Kabane angefallen, kann den Virus dank seiner eigenen Nachforschungen jedoch aufhalten. Nun ist er halb Kabane, halb Mensch: ein sogenannter Kabaneri! Gemeinsam mit der starken Mumei, die ebenfalls eine Kabaneri ist, kann er in der Eisernen Festung entkommen. Doch auch der Yashiro-Bahnhof, die nächste Station auf der Fahrt nach Kongokaku, sendet kein Signal zurück …