Im von Aliens beherrschten feudalen Tokio erhält der junge Krieger Gintoki Sakata zwei Aufträge: Er soll einen fähigen Schwertkämpfer und gesuchten Terroristen aufspüren und das verfluchte Schwert Benizakura finden, damit dieses nicht in die falschen Hände gerät und für großes Unheil sorgt.

Auf seiner Reise treffen Ash Ketchum und sein Pikachu im Wald Okoya auf einen Jungen namens Koko, der als Kind in der Wildnis aufwuchs und vom mystischen Pokémon Zarude aufgezogen wurde. Schnell freunden sich Ash und Koko an, obwohl sich letzterer aufgrund seiner wilden Erziehung nicht für einen Menschen, sondern für ein Pokémon hält. Doch der Dschungel, in dem der unzivilisierte Junge lebt, ist in Gefahr. Denn Dr. Zed, ein machtbesessener Wissenschaftler, der eine riesige Forschungseinrichtung in der Nähe leitet, möchte bis zum großen Baum in der Mitte des Waldes vordringen – einem geschützten Ort, an dem Menschen der Zutritt eigentlich verboten ist. Mithilfe schwerer Maschinen setzt er seinen Plan dennoch in die Tat um. Während sich Zarude und die restlichen Tiere des Waldes gegen die technischen Verwüstungsmaschinen stemmen, eilen auch Ash, Koko und Pikachu zur Hilfe. Mit vereinten Kräften wollen sie den Dschungel retten und stoßen dabei auf Geheimnisse aus Kokos Vergangenheit...