Ein seltenes Ereignis steht bevor: Der Millenniums-Komet wird schon bald am Himmel zu sehen sein. Darauf haben viele gewartet, denn angeblich erfüllt er die Wünsche aller, die ihn sehen. Natürlich interessieren Ash und seine Freunde sich ebenso sehr für das Millenniums-Fest, denn zu diesem Anlass veranstaltet der Große Butler eine Zaubershow. Noch interessanter allerdings ist ein geheimnisvoller Kokon, der sich in Butlers Besitz befindet, und aus dem Max eine mysteriöse Stimme rufen hört! Als Jirachi dann aus seinem Schlaf erwacht, hat Max mit einem Mal einen neuen Freund. Doch die Freundschaft ist begrenzt: Sie währt nur für die wenigen Tage, die der Millenniums-Komet am Himmel sichtbar ist. Max möchte diese kurze Zeit bestmöglich nutzen, aber der Große Butler hat seine eigenen Pläne mit Jirachi – und die sind nicht freundschaftlicher Natur.Können Max, Ash, Maike und Rocko Butler aufhalten und Jirachi retten, bevor Groudon zurückkehrt und das Land mit Verwüstung überzieht?

Die Hightech-Stadt Larousse City ist ein eindrucksvoller Ort für Besucher – und gleichzeitig der optimale Ort für einen Pokémon-Kampf! Ash begibt sich direkt zum berühmten Duellturm, aber es läuft nicht besonders gut, denn sein Kampfpartner ist ein verängstigter Junge namens Tory. Aufgrund eines traumatischen Ereignisses in seiner Kindheit fürchtet Tory sich vor allen Pokémon, sogar vor so niedlichen wie Pikachu! Doch wirklichen Grund zur Furcht gibt es, als Deoxys auftaucht und die Kontrolle über Larousse City übernimmt, wobei es alle Maschinen abschaltet und die ganze Stadt als Geisel festhält. Das Legendäre Rayquaza findet das gar nicht witzig und versucht, den Eindringling aus seinem Territorium zu vertreiben! Ash, Tory und ihre Freunde stecken mitten drin in dem Schlamassel, und tun ihr Bestes, um die bedrohte Stadt zu retten!

Vor Hunderten von Jahren wurden der Cameran-Palast und seine Bewohner durch ein edles Opfer von Sir Aaron, einem Aura-Ritter, gerettet. Seit jenem Tag ehren die Menschen seine Taten mit einem alljährlichen Fest. Ash interessiert sich nur für den dort veranstalteten Pokémon-Wettbewerb! Aber als er siegt und gebeten wird, die zeremonielle Rolle des Aurawächters zu übernehmen, wird die Bedeutung von Aaron offensichtlich – vor allem, als Lucario aus Aarons Stab herauskommt! Dieses lang verschollene Pokémon sieht Aaron jedoch keinesfalls als Held, denn Lucario erinnert sich nur daran, dass es einst von diesem Menschen betrogen wurde! Nach all dieser Zeit ohne Kampf wird es aufgefordert, ein Held zu sein. Denn Mew ist aufgetaucht und hat Pikachu und Mauzi zum Baum des Lebens entführt und nur Lucario kennt den Weg dorthin! Kann Lucario sein Misstrauen gegenüber den Menschen ablegen, um Ash und seinen besten Freund wieder zu vereinen?

Der Film beginnt mit einem durchs Wasser treibenden Ei. Bald taucht ein U-Boot auf und es schnappt sich das Ei mit einem Greifarm. Der Kapitän darin freut sich schon darauf, das all seine Wünsche in Erfüllung gehen. Kaum hat er fertig gesprochen, schnappt sich ein U-Boot-Mitglied das Ei. Hier handelt es sich um den Pokémon Ranger Jackie. Er flüchtet mit dem Ei und fängt sich ein Mantax mit seinen FangKom und reitet darauf davon. Damit keiner nachkommt, verpasst Mantax dem Boot noch einen Konfustrahl.

Die neueste Errungenschaft des geheimnisumwitterten Pokemon-Wissenschaftlers Dr. Yung ist das Mirage-Computersystem, welches Daten ausgestorbener Pokemon-Arten dazu verwendet, diese wieder zu beleben. Professor Eich sowie Ash und seine Freunde wohnen einer Demonstration des Mirage-Systems im Haus des Doktors bei. Inmitten des Kampfes zwischen Pikachu und einem Pokemon aus dem Mirage-System hat die Maschine plötzlich eine Fehlfunktion: ein Aerodactyl entspringt ihr und entführt kurzerhand Dr. Yung. Zu allem Überfluss erscheint auch noch ein Mann, der sich der „Mirage-Meister“ nennt und behauptet, das System könnte dazu benutzt werden, um Pokemon bar jeglicher Schwäche zu erschaffen. Ash, Misty und Professor Eich haben nun alle Hände voll zu tun, diesen Verrückten aufzuhalten und lebend aus der Sache wieder herauszukommen.