Auch im zweiten Teil der Live Action Verfilmung der erfolgreichen Mangas versuchen die Schüler der Klasse 3-E der der Kunugigaoka-Schule alles, um ihren außerirdischen Lehrer zu töten. Das Schuljahr nähert sich seinem Ende, und die Zeit für Attentat wird knapp. Da erhält Koro-sensai unerwarteten Besuch aus seiner Vergangenheit, eine Begegnung, die das Leben seiner Schüler auf den Kopf stellt.

Nachdem das gelbe Krakenwesen aus dem All den Widerstand der Erdmenschen gebrochen hat, gibt er ihnen gnädigerweise eine letzte Chance. Ein Jahr lang wird er die Klasse 3-E der Kunugigaoka-Schule unterrichten, ein Sammelbecken für die widerspenstigsten, undizipliniertesten, lernschwächsten Teens der ganzen Gegend. Und wenn diese es auch noch schaffen sollten, ihn im Laufe des Jahres umzubringen, dann wäre die Welt gerettet. Koro-sensai, so heißt der Außerirdische, hat jedoch übermenschliche Kräfte, mit denen er jedes Attentat abwehren kann. Aber darüber hinaus zeigt er sich auch noch als exzellenter Lehrer. Sollten die Schüler ihn umbringen, dann verschwindet auch der Einzige, der sich jemals um sie bemüht hatte. Eine unlösbare Aufgabe … vielleicht … denn die Abenteuer von Koro-sensai und der Klasse 3-E werden fortgesetzt.