In Black Lagoon geht es um eine Gruppe von Piraten, die unter dem Namen Lagoon Company bekannt sind. Mitte der 1990er Jahre schmuggelte die Lagoon Company Güter innerhalb der Meere von Südostasien. Ihre Basis liegt dabei im Hafen der Stadt Roanapur im Südosten Thailands. Auf den Meeren sind sie unterwegs mit der sogenannten Black Lagoon, einem 24 Meter langem Schnellboot. Die Lagoon Company hat mehrere Geschäftsbeziehungen zu den verschiedensten Klienten, unter anderem dem russischen Kriminalitätssyndikat in Moskau. Auf ihren Reisen sind sie oft in Seeschlachten, Kämpfe und Schusswechsel involviert.

Deutschland, 1986. Dr. Kenzo Tenma ist Neurochirurg in einer Düsseldorfer Klinik. Eigentlich ist es der perfekte Job für einen Arzt wie ihn, wenn es da nicht seine Vorgesetzen gäbe. Mehrfach muss er einflussreiche Patienten bei der medizinischen Versorgung vorziehen. Eines Tages werden zwei Geschwister in die Klinik eingeliefert, die am Schauplatz eines Verbrechens aufgefunden wurden. Der Junge, Johann, schwebt in Lebensgefahr, doch Tenma soll stattdessen einen bekannten Politiker operieren. Er widersetzt sich den Anweisungen seines Oberarztes und operiert das Kind. Ein verhängnisvoller Fehler, den er später bereuen wird, denn Johann ist kein normaler Junge. Kurze Zeit später werden Tenmas Vorgesetzte ermordet und die Kinder, Johann und Anna, sind spurlos verschwunden.

Ichise lebt in der unterirdischen Stadt LUX, in der Verzweiflung und Gewalt den Alltag bestimmen. Dies erlebt Ichise am eigenen Leib, als er eines Tages nach einen Wettboxturnier sowohl seinen Arm als auch sein Bein gewaltsam verliert. Dem Tode nahe behandelt ihn eine Ärztin, die die nächste Texhnolyze-Generation an ihm testet. Sie ersetzt seine verlorenen Körperteile durch künstliche, mechanische Gliedmaßen, die direkt durch den Geist gesteuert werden können. Dabei spielt ein seltenes, mysteriöses Material namens "RAFIA" eine entscheidende Rolle. Ein junges Mädchen namens Ran beeinflusst von nun an Ichises weitere Zukunft. Sie kann die unmittelbare Zukunft voraussehen; was genau jedoch ihre Beweggründe sind, und weshalb sie oft eine Maske trägt, bleibt mysteriös. Dennoch ist sie diejenige, die Ichise einen Weg aus der Finsternis zeigt, wenn für ihn schon alles verloren scheint...

Man sagt: Immer wenn Menschen Vögel durch die Lüfte fliegen sehen, bekommen sie das Bedürfnis auf eine Reise zu gehen. Kino no Tabi basiert auf einer Serie von Kurzgeschichten, welche von den Erlebnissen der Reisenden Kino und ihres sprechenden Motorrads Hermes handelt. Auf ihren Wegen durch die Länder ihrer Welt treffen die beiden auf unzählige Personen, welche allesamt mit den unterschiedlichsten Problemen in ihrem jeweiligem Land zu kämpfen haben. Das Treffen mit den Reisenden, welche die Rolle zweier kommentierender Beobachter übernehmen, ist für diese Menschen meist ein einschneidendes Erlebnis in ihrem Leben. Trotz seines Daseins als ein sprechendes Motorrad fungiert Hermes hierbei als ein überraschend intelligenter und tiefsinniger Gesprächspartner Kinos, welche wiederum ein nahezu geschlechtsneutrales und damit übertragbares und allgemeingültiges Auftreten an den Tag legt. Drei Tage lang bleiben sie jeweils in jedem der mittelalterlich anmutenden Länder. Sehend, lernend, philosophierend, aber niemals wertend, bevor sie sich ein weiteres Mal auf die Reise machen, denn das nächste Land in dieser tragisch-schönen Welt wartet schon auf sie.