Shaun Murphy ist anders als seine Kollegen: Der autistische Chirurg ist inselbegabt und sowohl durch sein tiefgehendes medizinisches Verständnis als auch durch seine scharfsinnigen medizinischen Diagnosen ein echtes Genie. Sein Mentor und Jugendbekannter Dr. Aaron Glassman hält daher große Stücke auf Shauns Fähigkeiten und verschafft ihm als Klinikchef des St. Bonaventure Hospitals in San José einen Job als Assistenzarzt in der dortigen Chirurgie.

Vertreter der Polizei und der Staatsanwaltschaft klären Kriminalverbrechen in und um New York auf. Mit allen zur Verfügung stehenden Mitteln versuchen die Ermittler dabei, den oder die Straftäter zur Verantwortung zu ziehen.