In der Monster-AG-Fabrik gehen die Bösewichte eifrig ihrer Arbeit nach: Über Schranktüren schleichen sie sich in Kinderzimmer ein und sammeln die Angstschreie ihrer Bewohner, die den Strom für Monstropolis liefern. Ungekrönter Star unter den einfallsreichen "Schreckeinjagern" ist Sully. Dem passiert eines Tages ein folgenschweres Missgeschick: Das kleine Mädchen Boo, dem er wie gewohnt einen kräftigen Schock versetzen will, verkrallt sich in sein Fell. Als er dann mit dem Kind in die Fabrik zurückkehrt, bricht das totale Chaos aus...

Als Woody von einem fiesen Sammler entführt wird macht sich die Puppen-Clique auf, ihren Freund zu befreien - aber schon auf die andere Straßenseite zu gelangen, gestaltet sich schwierig, ganz zu schweigen von den lauernden Gefahren im Spielzeugladen gegenüber: Doppelgänger stellen sich Buzz Lightyear in den Weg, durchgeknallte Barbie-Sirenen drohen die edlen Ritter vom rechten Weg abzubringen, und obendrein entkommt Zurg, der böse Imperator, aus seiner Plastikbox...

Der Moment des Abschieds ist gekommen: Andy ist den Kinderschuhen entwachsen und macht sich bereit, aufs College zu gehen. Für sein stets getreues Spielzeug hat er keine Verwendung mehr. Andys Mutter spendet die Spielsachen der Kindertagesstätte Sunnyside. Doch dieses angebliche Paradies entpuppt sich nach zuerst freundlicher Aufnahme durch die alteingesessenen Spielzeuge bald zum Gefängnis für die Freunde. Ein ausgeklügelter Ausbruchsplan wird ausgearbeitet - die Zeit drängt, denn hier geht nicht alles mit rechten Dingen zu.

Die bösen, faulen Grashüpfer unterdrücken die gutmütigen, fleißigen Ameisen. Der kleine Flik verspricht dies zu ändern und zieht voller Elan los, um Hilfe zu holen. Was er draußen in der großen, weiten Welt allerdings vorfindet, sind beileibe nicht die sieben Samurai, sondern nur eine bunt zusammengewürfelte Truppe erfolgloser Krabbeltier-Zirkusclowns. Fliks Team besteht aus einer Raupe, einer Stabheuschrecke, einem Marienkäfer und anderen Sonderlingen. Nicht gerade optimale Kampfgefährten für das tapfere Ameisenvölkchen...

Im Schutze eines großen Riffs lebt die Familie von Clownfisch Marlin relativ sicher und trotzdem werden seine Frau und nahezu alle seine Kinder Opfer eines gefräßigen Räubers. Das einzige ihm verbleibende Kind ist der kleine Nemo, der von da an besonders behütet wird. Doch die Neugier ist zu groß und prompt wird Nemo gefangen und zu den Menschen als Zierfisch gebracht. Durch ein paar Möwen erfährt Marlin alsbald, wo Nemo gelandet ist: im Aquarium eines Zahnarztes in Sydney. Mutig macht sich der Clownfisch mit seiner Freundin Dorie, die allerdings ständig an Gedächtnisverlust leidet, auf den Weg dorthin, vorbei an Haien, Quallen und anderen Gefahren. Währenddessen ist Nemo nicht untätig und plant mit den anderen Aquariumsfischen einen gewagten Ausbruch aus ihrem Gefängnis.

Die Pixar Story nimmt den Zuschauer mit hinter die Kulissen des bahnbrechenden Animationsstudios, das neue Wege ging und das Filmemachen veränderte. Mit bisher nicht gezeigten Flimmaterial, historischen Animationen aus den Archiven und Interviews mit Studiobossen, Produzenten, Trickfilmzeichern und Regisseuren.