Es sind Frühlingsferien und die 13-jährige Mirai Asahina wird Zeuge, als ein seltsames Objekt vom Himmel fällt. Mit ihrem Plüschteddy Mofurun schaut sie nach, was das gewesen sein könnte und trifft dort ein Mädchen namens Riko, welches auf einem Besen fliegt und den gleichen Anhänger trägt wie sie. Mirai hat daraufhin eine Menge Fragen an das Mädchen, doch Riko erklärt ihr, dass sie auf der Suche nach etwas ist. Doch plötzlich taucht Batti, ein Verbündeter der dunklen Zauberer von Dokurokushi auf und verlangt den „Link Stone Emerald“. Wie sich herausstellt, ist auch Riko auf der Suche nach diesen Steinen. Batti beschwört jedoch ein Monster namens Yokobaru und treibt die beiden Mädchen damit in die Enge. Daraufhin reichen sich Mirai, Riko und Mofurun die Hände und sprechen die magischen Worte „Cure-Up Rapapa!“, woraufhin die Anhänger der beiden Mädchen zu leuchten beginnen und sie sich in die legendären Krieger Precure verwandeln.

Japan im Jahr 1782. Manji ist ein herrenloser Samurai. Zur Strafe für die Untaten, die er begangen hat, ist er mit dem Fluch der Unsterblichkeit geschlagen. Solange er nicht 1000 böse Männer getötet hat, werden Heilige Blutwürmer, die Kessenchu, immer wieder seine Wunden heilen und dafür sorgen, dass er nicht stirbt, egal, wie schwer er verletzt wurde. Eines Tages begegnet er Rin, einem 16-jährigen Mädchen, die den Mord an ihren Eltern rächen will. Sie heuert ihn als Helfer und Leibwächter an. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach den Mördern, aber schon bald wird klar, dass Freund und Feind oft nicht leicht zu unterscheiden sind, und dass Rache ein grausames Werk ist, auch für den, der sie ausübt…