In einer fernen Zukunft: Nach einem 50 Jahre währenden Krieg ist die Erde ein verwüsteter Planet und die meisten Überlebenden sind unheilbar erkrankt. Der Wissenschaftler Dr. Azuma forscht an einer genetischen Methode um die Menschheit zu heilen. Doch ein Unfall in seinem Forschungslabor hat schwerwiegende Folgen für die gesamte Welt: Aus der revolutionären Nährlösung erwachsen intelligente Mutantenwesen, welche die menschliche Rasse als Bedrohung ansehen. Die Mutanten nennen sich selbst „Neo Sapiens“ und erklären schlussendlich der Menschheit den Krieg...

Die blinde Wandermusikantin Ichi begibt sich auf die Suche nach ihrer Vergangenheit. Ihre einzigen Begleiter sind ihr Schwert und ihre Einsamkeit. Schweigsam, stolz und kompromisslos begegnet sie allem, was sich ihr in den Weg stellt. Nur Toma, ein traumatisierter Samurai, der nicht kämpfen kann, vermag sich Ichi zu nähern: Eher unfreiwillig rettet sie ihm das Leben und erledigt von da an seine Samurai-Pflichten. Als Ichi für einen letzten Kampf dem berüchtigten Bandenführer Banki gegenübertritt, der der Schlüssel zu Ichis Wurzeln sein könnte, ist es auch Toma, der ihr zur Seite steht. Für Ichi, die die Grenzen zwischen Licht und Schatten, Leben und Tod und Freund und Feind bisher weder sehen noch spüren konnte, beginnt damit die Reise zu ihrem Innersten.

Japan im Jahr 1582. Der vom Volk geliebte Meisterdieb Ishikawa Goemon (Yosuke Eguchi), eine Art japanischer Robin Hood erleichtert machtgierige Adelige um ihr Hab und Gut, um es den Ärmeren im Volk zu geben. Bei einem seiner tollkühnen Raubzüge stiehlt er eine wertlos anmutende Box ohne zu wissen, dass diese Büchse der Pandora das Schicksal des gesamten Landes beeinflussen kann. Kurz darauf scheint ganz Japan in Aufruhr und Goemon sind Heerscharen grausamer Ninja-Krieger auf den Fersen. Prinzessin Cha Cha - die sich in ihn verliebt - versucht ihm zu helfen, seine Mission dennoch zu erfüllen. Imposante Verfolgungsjagden über die Dächer der Stadt, große Schlachten à la „300“, tanzende Leder-Geishas und eine völlig entfesselte Kamera machen THE LEGEND OF GOEMON zu einem unvergesslichen Meilenstein des Genres.