Lucky Star zeigt den Alltag der vier Highschool Schülerinnen Konata, Kagami, Tsukasa und Miyuki, sowie deren Freunde und Familie. In ihren Erlebnissen und Gesprächen über Gott und die Welt werden die diversen Kuriositäten der japanischen Kultur aufgezeigt. Besonders die Subkultur der Otakus wird hier beleuchtet, vertreten durch Konata, die an wenig Anderem interessiert ist und deren Schulleistungen unter ihrem exzessiven Anime- und Videospielkonsum leiden, was von Kagami laufend mit sarkastischen Sprüchen kommentiert wird. Lucky Star bietet herrlich sinnentleerte humorvolle Gespräche über Themen, deren Unterhaltungswert wohl vorher niemand vermutet hätte. Gleichzeitig stellt es eine der gelungensten Parodien auf die japanische Otaku-Subkultur dar.

Der Schüler Jouji Gouda ist besessen von Baseball und er hat nur eins im Sinn und zwar die Teilnahme an den nationalen Meisterschaften. Nach einiger Zeit wird das erfolglose Nietenteam an seiner Schule aufgelöst und daher hat er nur die eine Möglichkeit und zwar an eine andere Schule namens »Hakuryo-Hiragi-Highschool« zu wechseln. Er gerät schon am ersten Schultag in eine wilde Prügelei. Vor Wut kochend, schlägt er seinem Gegner die Nase blutig, erst später merkend, mit wem er es eigentlich gerade zu tun hat. Er hatte es mit keinem Geringeren als dem hiesigen Baseball-Teamleiter zu tun. Jojis Hoffnungen auf eine Sportkarriere versinken somit in unermessliche Tiefe. Kein Wunder also, dass er vor seiner neuen Klasse verzweifelt auf dem Boden zusammenbricht, statt sich wie geplant vorzustellen. In dieser Minute der größten Not streckt ihm die hilfsbereite Klassensprecherin Akane tröstend ihre Hand entgegen - Somit änderte sich Jojis Ziel im Leben.

Ein planloser Gamer und seine zwei Freunde landen in einem parallelen Tokio, wo sie in einer Reihe sadistischer Spiele gegeneinander antreten müssen, um zu überleben.