Nichijou steht für "Mein gewöhnliches Leben", doch erwartet einen bei weitem nicht der typische Schulalltag, sondern vielmehr das Gegenteil. So spielt der Anime an einer Schule, wo es schon mal vorkommen kann, dass der Direktor mit einem Reh wrestlet oder die Klassenkameradin ein Roboter mit Aufziehschlüssel am Rücken ist. Doch nicht immer geht es derart abstrus zu, denn auch wirklich gewöhnliche Dinge werden behandelt, wie das Bauen von Kartenhäusern oder der Schocker vor einer Prüfung, für die man nicht gelernt hat.

Die romantische Komödie handelt von dem Schüler Yoshiharu Sagara, der in Japans historisches "Sengoku Jidai", das Zeitalter der kriegerischen Staaten transferiert wird. Jedoch sind die bekanntesten Krieger dieses Zeitalters des weiblichen Geschlechts. Yoshiharu trifft auf das süße Mädchen Oda Nobuna, die auf dem Weg ist, ein Warlord zu werden und Yoshiharu den Spitznamen "Affe" verleiht. Sie nimmt Yoshiharu unter ihre Fittiche...

Houtarou ist ein eher passiver Junge, weshalb es auch dem Druck seiner älteren Schwester bedarf, dass er dem Klub für klassische Literatur an seiner Schule beitritt. Während der Klubaktivitäten stoßen er und die drei anderen Mitglieder auf einen seltsamen Vorfall, der bereits 45 Jahre zurückliegt und mit dem Onkel eines der Mädchen im Klub zu tun hat. Die den Vorfall betreffenden Hinweise sind dabei in einer Sammlung an Geschichten mit dem Titel „Hyouka“ zu finden, welche vor langer Zeit im Klub entstand.