Watanabe Poemi ist ein fast normales Mädchen. Sie wünscht sich nichts sehnlicher als Seiyuu zu werden und würde für diesen Job alles tun. Leider muss sie sich erst mal um die Rettung der Erde kümmern, denn Aliens haben große Pläne und wollen die Herrschaft an sich zu reißen. Glücklicherweise gibt es die Aasu-Girls, Schwestern, die sich geschworen haben ihre Kräfte für das Wohl der Menschheit einzusetzen. Zu dumm, dass diese Kräfte wie übermenschliche Geschwindigkeit oder das Herbeizaubern von Blumen völlig nutzlos sind. Eine der Aasu-Schwestern ist Poemis Mitschülerin Futaba, die sie bei sich aufnimmt, als auch Poemis Eltern den Aliens zum Opfer fallen. So kommt es, dass Poemi ihren Teil tun will und sich mit Hilfe eines Fisches in das Magical Girl Puni Puni Poemi verwandelt.

Ichise lebt in der unterirdischen Stadt LUX, in der Verzweiflung und Gewalt den Alltag bestimmen. Dies erlebt Ichise am eigenen Leib, als er eines Tages nach einen Wettboxturnier sowohl seinen Arm als auch sein Bein gewaltsam verliert. Dem Tode nahe behandelt ihn eine Ärztin, die die nächste Texhnolyze-Generation an ihm testet. Sie ersetzt seine verlorenen Körperteile durch künstliche, mechanische Gliedmaßen, die direkt durch den Geist gesteuert werden können. Dabei spielt ein seltenes, mysteriöses Material namens "RAFIA" eine entscheidende Rolle. Ein junges Mädchen namens Ran beeinflusst von nun an Ichises weitere Zukunft. Sie kann die unmittelbare Zukunft voraussehen; was genau jedoch ihre Beweggründe sind, und weshalb sie oft eine Maske trägt, bleibt mysteriös. Dennoch ist sie diejenige, die Ichise einen Weg aus der Finsternis zeigt, wenn für ihn schon alles verloren scheint...