Jin Mori bezeichnet sich selbst als den allerstärksten High Schooler und eines Tages erhält er die Gelegenheit, dies auch zu beweisen: Er wird zum "God of High School" eingeladen, einem Turnier, welches den stärksten High Schooler bestimmen und dem Gewinner absolut jeden Wunsch erfüllen soll. Alle Teilnehmer sind mächtige Kämpfer, doch was erwartet ihn am Ende des Turniers? Dies ist erst der Beginn einer atemberaubenden Reihe eindrucksvoller Kämpfe!

Vor langer Zeit tobte ein Krieg zwischen den Gebieten „Kantô“ und „Kansai“, der Japan entzweite. Am Ende dieses Kriegs wurde Kansai jedoch ein Vasall von Kantô. Allerdings nahm die Zahl an Politikern und Polizisten in Kansai in der Folge ab, was die Kriminalität befeuerte. Die Kriminellen werden „Akudama“ genannt.

Im Jahr 2002 gibt Jotaro Aragaki, ehemaliges Mitglied der Herrengymnastiknationalmannschaft, alles für seinen Sport. Jedoch ist es ihm nicht mehr möglich, so zu turnen, wie er es von sich selbst erwartet. Sein Coach, Amakusa, empfiehlt ihm sogar, sich aus dem Sport zurückzuziehen, doch dann ändert eine bestimmte Begegnung sein Schicksal.

Den Wechsel an die Oberstufe hat sich die 15-jährige Tomoko Kuroki sicherlich anders vorgestellt. Statt bei ihren Mitschülern beliebt zu sein, hat sie sich aufgrund anderer Interessen und mangelnder sozialer Kompetenzen zur kompletten Außenseiterin in ihrer Klasse entwickelt. Als ihr dies eines Tages bewusst wird, beginnt sie den Versuch sich zu ändern, damit sie wieder den Anschluss an das Leben ihrer Mitmenschen erhält. Leider zeigen ihre oft tragikomischen Versuche, in denen sie ihre eigenen Unzulänglichkeiten und Vorurteile zu überwinden versucht, dass man nicht einfach so ändern kann, wer man eigentlich ist.