Die Nacht vor Beginn der Sommerferien. Daichi Manatsu, ein Hochschulschüler der 2. Klasse, beobachtet eine eigenartige Erscheinung am Himmel: Ein runder Regenbogen fliegt über Seed Island. Mit der Erinnerung an seinen toten Vater und an das Treffen mit zwei mysteriösen Personen, beschließt er, sich der schwebenden Insel zu nähern. Dort angekommen, wird er Zeuge des Angriffs sogenannter "Kiltgang", einer Spezies vom Planeten Uranus. Hals über Kopf wird der Schüler in den Kampf zwischen den Planeten hineingezogen.

Der 30-jährige Junggeselle Daikichi erfährt nach dem Tod seines Großvaters, dass dieser ein uneheliches Kind mit einer jüngeren Liebhaberin hat. Das stille Mädchen namens Rin wird von ihren anderen Familienmitgliedern ausgeschlossen, denn niemand möchte etwas mit der Kleinen zu tun haben. Einzig Daikichi entscheidet spontan und durch die Wut auf seine anderen Familienmitglieder, die Kleine bei sich aufzunehmen. Für den ruhigen und schüchternen Daikichi ändert sich sein Leben plötzlich von Grund auf: Die Erziehung eines Kindes stellt für ihn eine neuartige und bislang ungekannte Herausforderung dar.

Als Otonashi auf dem Gelände einer ihm unbekannten Schule erwacht, weiß er zunächst nicht, was vor sich geht. Weder das Mädchen mit der Feuerwaffe in der Hand, das ihn in Empfang nimmt, noch die Tatsache, dass er sich an kein Detail seines bisherigen Lebens erinnern kann, wecken in ihm Begeisterung. Das Mädchen, Yuri, erklärt Otonashi, dass er gestorben sei, und dass es sich bei dem Schulgelände, auf dem sie sich befinden, um eine Welt zwischen Leben und Tod handle. Sie erzählt ihm von der Shinda Sekai Sensen, einer Art Untergrundorganisation, der sie und einige andere Bewohner dieser Welt angehören. Die Mitglieder der SSS sind allesamt "tote" Jugendliche, die sich weigern, sich dem System der Schule anzupassen. Denn sobald man sich den Schulregeln beugt, verschwindet man auf mysteriöse Weise aus der Zwischenwelt.

Kamijou ist ein Schüler in der futuristischen Bildungsstadt - einem Ort, an dem die Menschen dank dem wissenschaftlichen Fortschritt Superkräfte entwickelt haben. Obwohl er ein ziemlicher Schwächling ist, hat er dennoch ein großes Herz. Dies kommt der jungen Nonne Index sehr zugute, denn sie befindet sich auf der Flucht vor einer Gesellschaft an Zauberern, die an das Wissen in ihrem Kopf möchten: Einer Ansammlung von unglaublichen 103.000 Grimoires. Von nun muss Kamijo alles tun, um Index mit seiner eigenen Kraft zu beschützen ... dem Imagine Breaker, mit welchem er die Kräfte anderer negiert.

Aufgrund ihrer Position als einer der wenigen Level 5 Esper von Academy City, ist Mikoto Misaka berühmt-berüchtigt in dieser Stadt, in der es Menschen möglich ist, ihre übernatürlichen Fähigkeiten zu trainieren. Durch ihre für den städtischen Sicherheitsdienst arbeitende Freundin Kuroko Shirai wird auch Mikoto regelmäßig in diverse Fälle involviert, in denen sie sehr schnell zeigt, dass ihre Persönlichkeit mitunter genauso geladen ist, wie die Blitze, die sie verschießen kann. Als sich die mysteriösen Vorfälle in der Stadt mehren, verdichten sich auch die Hinweise auf dunkle Machenschaften ungeahnten Ausmaßes. Spin-off von To Aru Majutsu no Index, der Mikoto zur Hauptfigur hat.

Die Schüler der 9-E, der sogenannten „End-Klasse“ der Kunugigaoka-Mittelschule, sind nicht nur die Versager der gesamten Schülerschaft, obendrein haben sie auch noch einen ganz besonderen Lehrer. Koro-sensei ist nämlich eine gefährliche Bedrohung für die Menschheit. Erst hat er den Mond für immer zu einer Sichel „frisiert“ und nun will er zu allem Überfluss auch noch die Erde zerstören. Das muss die Regierung um jeden Preis verhindern und setzt Koro-sensei bis zu der geplanten Zerstörung im Unterricht der End-Klasse ein – mit einer recht speziellen Absicht: Die Schüler sollen ihren neuen Lehrer möglichst schnell um die Ecke bringen, um die Menschheit zu retten. Und die verlockende Belohnung dafür ist die Anerkennung ihrer erfolgreichen Mitschüler und ganze zehn Milliarden Yen!