Die Schüler der 9-E, der sogenannten „End-Klasse“ der Kunugigaoka-Mittelschule, sind nicht nur die Versager der gesamten Schülerschaft, obendrein haben sie auch noch einen ganz besonderen Lehrer. Koro-sensei ist nämlich eine gefährliche Bedrohung für die Menschheit. Erst hat er den Mond für immer zu einer Sichel „frisiert“ und nun will er zu allem Überfluss auch noch die Erde zerstören. Das muss die Regierung um jeden Preis verhindern und setzt Koro-sensei bis zu der geplanten Zerstörung im Unterricht der End-Klasse ein – mit einer recht speziellen Absicht: Die Schüler sollen ihren neuen Lehrer möglichst schnell um die Ecke bringen, um die Menschheit zu retten. Und die verlockende Belohnung dafür ist die Anerkennung ihrer erfolgreichen Mitschüler und ganze zehn Milliarden Yen!

Koro Sensei Quest! versetzt die Charaktere von Assassination Classroom in ein (verbuggtes) Fantasy-Rollenspiel mit (noch) mehr Nonsense-Comedy als in der Hauptserie.

Ayanokōji Kiyotaka ist jüngst der fördernden weiterführenden Schule der Stadt Tōkyō beigetreten, die dafür bekannt ist, allen Absolventen Weiterbildung und Arbeitsplatz zu garantieren. Doch leider endet er in der Klasse D, die für besondere Problemfälle gedacht ist. Alle Schüler dieser Schule werden mithilfe eines Punktesystems abhängig von Leistung und Betragen beurteilt. Die persönlichen Punkte können Schüler wie Geld verwenden, um sich Dinge und Leistungen auf dem riesigen Gelände zu kaufen, das sie nur eingeschränkt verlassen dürfen.