Im Jahre 2003 führt das japanische Militär ein Experiment mit der Bündelung von Sonnenplasma-Energie durch. Doch die Folgen sind fatal: eine ganze Militäreinheit verschwindet plötzlich und findet sich im Jahre 1547, in einer Zeit, wo Samurais Japan beherrschten, wieder. 2 Jahre später als sich aufgrund dieses Experiments Schäden in Form von schwarzen Löchern herausgestellt haben, wird der ehemalige hochrangige Militär Kashima (Yosuke Eguchi) reaktiviert, um eine zweite Einheit durch die Zeit zurückzuschicken und das verlorene Kommando ausfindig zu machen und zu retten. Doch als Kashima im Jahre 1549 ankommt, verfolgt der verlorene Trupp ganz eigene Ziele...

1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues und Pater Francisco Garupe von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?