In Vorausblenden wurde im Grand Central Terminal der größte Anschlag auf New York seit den Terroranschlägen am 11. September 2001 verübt. Dem FBI liegen Informationen vor, dass der Anschlag von einem der ehemaligen FBI-Rekruten aus Quantico begangen werden sollte. In Quantico befindet sich der FBI-Ausbildungsort für junge FBI-Rekruten, die sogenannten New Agents in Training (kurz NAT). Die mittlerweile FBI-Agentin gewordene Alex Parrish ist zunächst die Hauptverdächtige, doch sie beteuert ihre Unschuld.

Die Agenten des New Yorker Büro des FBI arbeiten rund um die Uhr daran, die Stadt und ihr Land vor Terror, organisiertem Verbrechen und fremden Spionen zu beschützen. Unter der Leitung von Special Agent in Charge Dana Mosier setzt sich ihr Team aus verschiedenen Spezialisten mit einzigartigen Fähigkeiten zusammen.