Im Jahr AD 2314 reist eine unbekannte Alienrasse in das Sonnensystem. Auf ihrem Weg stößt diese im Orbit vom Jupiter auf eine heruntergekommene Forschungsraumstation. Die Aliens assimilieren die Raumstation und senden diese als Speerspitze ihrer Streitkräfte in Richtung Erde. Seit dem Sieg über die Innovators und A-Laws etablierte die Erdallianz, die aus ihren Fehlern gelernt hat, eine pazifistische und friedliche Politik, um die Probleme der Welt zu lösen. Zwei Jahre nach den Ereignissen aus Staffel 2 reisen Marina Ismail und Shirin Bakthiar in einem Shuttle zu einer Kolonie. Auf dem Weg wird ihr Shuttle von einem Attentäter angegriffen. Ehe das Shuttle vernichtet wird, erscheint Setsuna F. Seiei und beschützt diese. Um seine Identität als Mitglied von Celestial Being zu verschleiern, nutzt er hierfür nicht seinen Gundam, sondern einen angepassten Flag. Kurz drauf entdeckt die Erdföderation die in Richtung Erde fliegende Raumstation.

Die 27-jährige Taeko ist im Jahr 1982 eine Büroangestellte in Tokio. Obwohl ihre Familie sie zum Heiraten drängt, ist sie alleinstehend. Taeko, die schon seit ihrer Geburt in Tokio lebt, möchte die Großstadt für ein paar Tage verlassen und wegfahren, um sich ein wenig Urlaub zu gönnen. Ihre Schwester Nanako schlägt vor, dass sie die Familie ihres Ehemannes besuchen könnte, da dieser ursprünglich einer Bauernfamilie vom Land, der Präfektur Yamagata im Norden Japans, entstammt. Auf der Fahrt dorthin erlangt sie Erinnerungen an ihre Kindheit in der fünften Klasse der Grundschule wieder. Sie erinnert sich unter anderem an ihre erste Liebe.

Die naive, etwas ungeschickte 17-jährige Haru rettet auf ihrem Schulweg eine Katze vor einem nahenden Lastwagen. Zu ihrer Verwunderung stellt die Katze sich darauf auf ihre Hinterbeine und spricht ihrer Retterin ihren Dank aus, bevor sie verschwindet. In der darauffolgenden Nacht erhält Haru zudem hohen Besuch. Der Katzenkönig höchstpersönlich ist mit seinem Gefolge gekommen, um der verblüfften Schülerin zu verkünden, dass ihr auf Grund der Rettung seines Sohnes Prinz Lune die große Ehre zuteil werde, eben jenen Thronfolger zu ehelichen. Am nächsten Morgen tut das Mädchen noch alles als sonderbaren Traum ab, doch schnell muss sie einsehen, dass sie wohl schon bald als Katzenbraut vor den Altar geführt werden wird.

Die 14-jährige Shizuku ist ein echter Bücherwurm und leiht sich in der städtischen Bibliothek ein Buch nach dem anderen aus. Da fällt dem verträumten Mädchen auf, dass ein gewisser Seiji Amasawa alle von ihr ausgewählten Bücher schon vor ihr gelesen hat. Sie beginnt, sich ein Traumbild von dem Jungen auszumalen, der die gleichen Geschichten wie sie schätzt. Eines Tages verfolgt Shizuku eine mit der U-Bahn umherfahrende Katze und gelangt so zu einem kleinen Antiquitätenladen, dessen Ausstellungsstücke sie faszinieren. Hier trifft sie auf einen Mitschüler, der sie schon öfters aufgezogen hat. Dieser Junge, der Enkel des Ladenbesitzers, heißt zufällig auch noch Seiji. Schon bald findet sich Shizuku in einem Gefühlschaos wieder und sieht sich zudem mit der Frage konfrontiert, was für eine Zukunft sie eigentlich anstrebt…

Im Skiurlaub stößt Hikari auf ein großes, im Schnee liegendes Ei, aus dem ein großes, gelbes Küken schlüpft. Das Ei wurde von einem Kurier des Gartens über den Wolken aus Versehen fallen gelassen, als er damit in den Garten des Lichts wollte, um es von der dortigen Königin segnen zu lassen. Dies ist auch Freezun und Frozun nicht entgangen, die den Garten über den Wolken zerstören wollen und das Küken, das dem Garten Wärme und Licht bringt, gefangen nehmen. Die beiden Bösewichte frieren die Herzen von Pretty Cure ein und hetzen sie aufeinander. Doch deren Freundschaft ist größer und durchbricht das Eis in deren Seele. Gemeinsam mit Shiny Luminous gelingt es, die Eis-Brüder zu besiegen, das Küken, welches Hikari »Hinata« getauft hatte zu befreien und den Garten über den Wolken, der in Eis und Schnee versunken war, wieder ergrünen zu lassen. Hinata ist ein Houou oder Phönix, der Wärme und Licht über den Garten und die Welt bringt.

Eigentlich deutet nichts darauf hin, dass es alles andere als ein normaler Sonntag werden soll: Hikari hilft Akane in ihrem Cafe aus, Honoka ist still wie immer und Nagisa schlingt mal wieder Takoyaki in sich rein. In Hikaris Pause ziehen sich unsere drei Heldinnen auf einen Spielplatz zurück, um dort weiter von Jungs und Schmuck zu schwärmen. Doch ihre Träumereien werden jäh durch einen Unbekannten unterbrochen, der sie fragt, ob sie Pretty Cure seien und sie kurz darauf angreift. Wer ist dieser Unbekannte und was will er von Pretty Cure? Steckt etwa die Hexe aus dem Reich der Dunkelheit dahinter und was hat sie vor? All das werdet ihr erfahren.

Ein Special zum Eiga Yes! Precure 5 GoGo! Okashi no Kuni no Happy Birthday Film.

Love, Miki und Inori sind gerade auf dem Weg zu einem Tanzwettbewerb, doch als sie noch Minato Mirai abholen wollen, verlaufen sie sich. Als sie auf der Suche nach dem richtigen Weg sind, werden die Mädchen von einem Monster angegriffen. Die drei Mädchen beginnen zu kämpfen und werden dabei von anderen Precures unterstützt. Sie alle müssen ihre Kräfte bündeln, um gegen diesen starken Gegner eine Chance zu haben. Werden es die Mädchen schaffen?

Tsubomi Hanasaki wird eines Morgens von ihrer besten Freundin Erika Kurumi geweckt mit der schlechten Nachricht, dass ihre Feen Coffret und Shypre verschwunden sind! Diese haben jedoch eine Nachricht hinterlassen, dass sie im Fairy Park zu finden sind. Dort wollen sich heute am Eröffnungstag auch alle anderen PreCures nach langer Zeit treffen. In dem Themenpark befindet sich der »Regenbogen Juwel«, ein wertvoller Edelstein, welcher alle Hoffnungen und Träume der Menschen auf der ganzen Welt widerspiegelt. Kein Wunder, dass sich die bösen Mächte diesen mächtigen Stein zu Nutze machen wollen und den Stein in ihren Besitz bringen möchten. Wird es den vereinten Kräften der PreCures gelingen den Stein zu beschützen?

Als Hibiki und Kanade in einem großen Einkaufszentrum unterwegs sind, fangen die verschiedenen Welten der Feen plötzlich an, mit der Erde zu verschmelzen. Eine dunkle Macht hat es auf die Prisma Blume abgesehen, welche die verschiedenen Welten miteinander verbindet. Sämtliche Precures müssen sich altbekannten Gegnern stellen und letztendlich eine schwere Entscheidung treffen.

Ayumi Sakagami, ein Mädchen das PreCures anhimmelt, ist ständig alleine, da sie zu schüchtern ist und ihr der Mut fehlt, um ihre Klassenkameraden anzusprechen. Jedoch lernt sie eines Tages Fuu-chan kennen und sie freunden sich miteinander an. Fuu-chan ist ein Überbleibsel der Fusion Foe, welche schon in Eiga Precure All Stars DX: Minna Tomodachi - Kiseki no Zenin Daishuugou von den Precure Magical Girls besiegt wurden. Nachdem Fuu-chan Ayumis Vorliebe für PreCures bemerkt, welche für ihre aktuell kleinere Körpergröße verantwortlich sind, entschließt sie sich, ihre alte Form zurückzuerlangen und Yokohamas Minato Mirai Bezirk in die totale Dunkelheit einzuhüllen.

Die Precure werden auf eine Party in die Feen-Schule eingeladen, wo sie jedoch in die Falle eines gerissenen Gegners tappen. Nun liegt es an Mana und ihren Freunden, die anderen zu retten.

Enen und Gureru, werden vom Direktor ihrer Feenschule damit beauftragt, Informationen über das neue PreCure Team »Happiness Charge« zu sammeln. Dabei bekommen sie tatkräftige Unterstützung, von Mana und ihren Freunden, deren Feen, einen guten Kontakt zu Ribbon haben, dem Partner des Teams, dass die beiden suchen. Doch bei ihrer Suche, stoßen sie noch auf ein anderes seltsames Vorkommen, denn alle Kinder verfallen plötzlich in einen mysteriösen Schlaf und wachen nicht mehr auf. Nun liegt es an Pretty Cure herauszufinden, was genau da vor sich geht und die Kinder davor zu retten.

In Harmonia, dem Land des Gesangs und Tanzes, wird ein Frühlingskarneval veranstaltet. Haruka Haruno und ihre Freunde besuchen ebenfalls dieses Land, um an dem Karneval teilzunehmen und möchten von ihren älteren Precure-Kriegern das Singen und Tanzen lernen. Plötzlich verschwinden die Feen von Precure und der gesamte Karneval gerät in ein einziges Durcheinander. Noch schlimmer ist aber, dass die beiden Ansager Odoren und Utaen sich sehr verdächtig verhalten und der Wächter-Drache von Harmonia wütend wird und randaliert. So stürzt dieser nicht nur das fröhliche Fest ins Chaos, sondern auch das gesamte Land. Um den Frieden in Harmonia nun wiederherzustellen, müssen die 40 Precure-Krieger zusammenarbeiten, um ein Wunder voller Gesang und Tanz zu erschaffen.

Nach langer Zeit besuchen Mirai, Riko und Mofurun mal wieder die Menschenwelt ‒ auf der Suche nach einem weiteren Link Stone. Rein zufällig begegnen die drei Haruka und ihren Freundinnen, woraufhin nur kurze Zeit später die Hexe Dyspear, eine Gegnerin von Harukas Precure-Team, auftaucht und die Mädchen sich gezwungen sehen, zu kämpfen. Kaum von dem Kampf erholt, wartet bereits der nächste Ärger! Trauuma, ein Untergebener der Hexe Solcieel taucht auf und berichtet darüber, dass sie hinter den Tränen der Precure her sind. Nach einem Kampf teleportiert Trauuma die Mädchen in seine Welt, wo sich vor allem Mirai und Riko plötzlich getrennt voneinander wiederfinden. Um dem Unheil zu entgehen, welches die Precure noch erwarten wird, müssen Mirai und Riko wieder zueinander finden und auch die übrigen Precure-Kriegerinnen retten.

„Humarise" ist eine mysteriöse Gruppierung, die plant, die „Spezialitäten"-Benutzer auf der ganzen Welt zu vernichten. Um die Menschen vor dieser Verschwörung zu retten, wird ein weltweit ausgewähltes Heldenteam gebildet. Ihre Mission ist es, Bomben in verschiedenen Ländern zu bergen. Izuku, Katsuki und Shoto schließen sich der Mission in einem entfernten Land namens „Otheon" an.

Tobias, Mary und Sakura befinden sich in "The World R:X". Gemeinsam bilden sie eine unzertrennliche Gruppe, die den ganzen Tag Dungeons auf der Suche nach den Artefakten des Abenteuers durchstreift. Aber als das Trio in diesem virtuellen Labyrinth verloren geht, wird eine Begegnung mit der geheimnisvollen Enität bekannt als Einsiedler ihr Leben für immer verändern. Es gibt eine unheimliche Dunkelheit, die sich über "The World R:X" ausbreitet, und sobald Sie hineingestolpert sind können sie nicht mehr entkomment.