Die 16-jährige Mai Tokiha kommt dank eines Stipendiums an die Fuuka Gakuen. Schon auf dem Weg zur Schule wird sie in einen Kampf zwischen zwei HiME verwickelt, währenddessen entdeckt sie, dass sie selbst ebenfalls ungewöhnliche Kräfte besitzt. Nach kurzer Zeit bekommt sie einen Child genannten Helfer mit Namen Kagutsuchi, welcher als mächtiger weißer Drache Feuerattacken beherrscht. In der Schule angekommen lernt Mai nach und nach immer mehr Mädchen kennen, die über übermenschliche Kräfte verfügen und muss sich den Orphan genannten Monstern entgegenstellen, welche das Schulgelände und die angrenzende Gegend unsicher machen.

Handlungsort ist Tokio in naher Zukunft. Persocoms, Computer mit menschlichem Aussehen, sind zu diesem Zeitpunkt überall anzutreffen. Der Student Hideki Motosuwa, der Protagonist, kann sich keine solche Maschine leisten. Er findet jedoch durch Zufall ein gut erhaltenes Exemplar im Müll, von dem er zunächst denkt, es wäre eine Menschenleiche. Nachdem er den Persocom in seinem Apartment aktiviert hat, stellt er fest, dass der Computer keinerlei Daten gespeichert hat (was ungefähr einem Verlust sämtlicher Erinnerungen gleichkommt). Das Debuggen des Persocoms gelingt nicht, denn er scheint ein besonderes Exemplar zu sein. Das einzige Wort, das der Computer anfangs sprechen kann, ist „Chi“, deshalb beschließt Hideki, dieses Wort zum Namen des weiblichen Computers zu machen. Es beginnt die Suche danach, woher Chi kommt und wer sie ist. Währenddessen lernt der Persocom etappenweise zu sprechen und auch durch Fehler, mit der Welt zurechtzukommen.

Handlungsort ist Tokio in naher Zukunft. Persocoms, Computer mit menschlichem Aussehen, sind zu diesem Zeitpunkt überall anzutreffen. Der Student Hideki Motosuwa, der Protagonist, kann sich keine solche Maschine leisten. Er findet jedoch durch Zufall ein gut erhaltenes Exemplar im Müll, von dem er zunächst denkt, es wäre eine Menschenleiche. Nachdem er den Persocom in seinem Apartment aktiviert hat, stellt er fest, dass der Computer keinerlei Daten gespeichert hat (was ungefähr einem Verlust sämtlicher Erinnerungen gleichkommt). Das Debuggen des Persocoms gelingt nicht, denn er scheint ein besonderes Exemplar zu sein. Das einzige Wort, das der Computer anfangs sprechen kann, ist „Chi“, deshalb beschließt Hideki, dieses Wort zum Namen des weiblichen Computers zu machen. Es beginnt die Suche danach, woher Chi kommt und wer sie ist. Währenddessen lernt der Persocom etappenweise zu sprechen und auch durch Fehler, mit der Welt zurechtzukommen.