In Paris wird das letzte und größte Rätsel ausgestellt, das der berühmte Archäologe Bresson hinterlassen hat: sein Tagebuch. Angeblich winkt demjenigen, der es schafft, die Kassette darum zu öffnen und es zu lesen, ein riesiger Schatz! Natürlich ist es nicht verwunderlich, dass Meisterdieb Lupin III. da nicht weit ist. Während der sich wie üblich mit Kommissar Zenigata herumschlägt, nutzt eine junge Frau die Gunst der Stunde, um das Tagebuch zu stehlen. Laetitia, die eigentlich Archäologin werden will, handelt im Auftrag ihres Großvaters, der jedoch mit einer dubiosen Nazi-Gruppierung in Verbindung steht. Wird sie sich mit Lupin und seinen Freunden zusammenschließen, um das Tagebuch zu entschlüsseln und das Rätsel um ihre eigene Vergangenheit zu lösen?

Schon seit ihrer Kindheit sind Kousuke und Natsumi befreundet. Auch wenn sie sich in der sechsten Klasse etwas voneinander entfremdet haben, beschließen sie, in den Sommerferien noch einmal den alten Gebäudekomplex aufzusuchen, wo sie früher gewohnt haben, bevor er abgerissen wird. Viel Zeit bleibt ihnen jedoch nicht, um in Erinnerungen zu schwelgen, denn es geschieht etwas Sonderbares: Plötzlich verändert sich ihre Umgebung und das alte Haus treibt wie ein Schiff auf den Ozean hinaus, zusammen mit den Kindern und allen anderen Leuten, die sich in der Nähe aufhalten…