Amon, ein Schwertschmied, stößt im Wald zufällig auf einen Säugling und dessen tote Mutter. Obgleich er anfangs mit der Situation überfordert ist, entscheidet er sich schließlich, den Jungen mitzunehmen und ihn so vor dem sicheren Tod zu bewahren. Zehn Jahre nach dieser schicksalhaften Begegnung geht der Junge von damals, Gai, bei Amon in die Lehre. Während der Herstellung eines Schwertes kommt es jedoch zu einem tragischen Unfall, bei dem Gai seinen rechten Arm verliert. Daraufhin entscheidet Amon ein Schwert namens Shiryuu zu benutzen, um daraus einen künstlichen Arm für Gai zu fertigen. Und so beginnt es...

Seitdem sie sich in der Mittelschule kennenlernten sind Yuu und Haruka unzertrennlich. Nun soll sich dieser Umstand auch in der Oberschule fortsetzen, doch getrennte Sitzplätze und neue Freundschaften scheinen ihrer innigen, speziellen Freundschaft schnell zuzusetzen. Deshalb beschließen sie, miteinander etwas zu tun, das sie mit den anderen Mädchen nicht tun würden und landen nach einiger Überlegung schließlich beim Küssen.

Die Geschichte findet in einem Stadtteil von Tokio statt, das in ein riesiges Schlamassel geraten ist. Im Mittelpunkt der Handlung steht die achte Einheit der fünften Special Public Security Section's Third Mobile Assault Division, kurz "The Eighth". Diese benutzen technische Ausrüstung, die sich an den Körper anpasst, um Verbrechen aufzuklären und Kriminellen das Handwerk zu legen.

Die Geschichte spielt in Sakurada, einer Stadt, in der fast die Hälfte der Einwohner in irgendeiner Form Spezialkräfte besitzt. Die Handlung dreht sich um die beiden Oberschüler Kei Asai und Misora Haruki. Während Letztere die Zeit bis zu drei Tage zurückdrehen kann, hat Kei die Fähigkeit, sich perfekt an alles, was er sieht und hört zu erinnern, auch nachdem Misora die Zeit zurückgedreht hat. Beide sind Mitglieder des sogenannten „Service Clubs“ an ihrer Schule, der von der Stadtverwaltung genutzt wird, um alle mit Spezialfähigkeiten ausgestatteten Menschen zu beobachten und den Frieden zu bewahren. Indem sie ihre Kräfte kombinieren, lösen die beiden gemeinsam Fälle für den Club. Dabei erfährt Kei von dem „MacGuffin“-Stein, der wie ein wertloser, schwarzer Stein aussieht, von dem in Wahrheit jedoch die Existenz der kompletten Stadt abhängt.

30 junge Männer und Frauen kommen bei einer zwielichtigen Bustour zusammen und haben ein Ziel: Das schwer zu erreichende, möglicherweise auch nicht existierende Dorf Nanakimura. In einer Legende heißt es, dass man in Nanakimura eine utopische Existenz führen kann, ohne dass einem das Leben Steine in den Weg legt. Mit den 30 Insassen, die allesamt eine eigene Vorstellung von ihrem Leben haben, wird der Bus tief in die Berge geleitet. Dort erreichen sie auch ein unbewohntes Dorf, welches schon fast auseinander fällt.

Eines Tages sind fünf Welten miteinander verschmolzen. Die schwarze Welt der Nacht und Magie, Darkness Embrace, die von Gebeten und Göttern behütete rote Welt, Terra Rubiri Aurora, die von Wissenschaft und Computern gesteuerte, weiße Welt, System White Eguma, die von Waffen und Militär regierte, grüne Welt, Grüneschild und die uns bekannte, blaue Welt, Erde, wurden durch die sich plötzlich öffnenden Hairou-Portale verbunden. Mit dem Aufeinandertreffen dieser Welten waren Wesen wie Hexen, Feen oder Dämonen, die man zuvor nur aus Märchen kannte plötzlich Realität. Zur selben Zeit tauchten in jeder dieser Welten Mädchen mit den besonderen Kräften Exceed auf. Um den Schutz und die Weiterentwicklung dieser „Progress“ genannten Mädchen zu gewährleisten wurde die riesige Akademie-Stadt Aoran auf einer abgelegenen Insel mitten im Pazifik errichtet. In dieser Schule versammeln sich die Mädchen, treffen neue Gefährten und formen Bindungen, die sie brauchen, um dem gemeinsamen Feind aller fünf Welten, Ouroboros, zu trotzen. Denn die auserwählten „Progress“-Mädchen sind die einzigen, die diese Welt vor ihrem Ruin bewahren können.

Nyaa-tan ist die Katze in der chinesischen Astrologie. Sie hat es sich zum Ziel gesetzt, Mitglied der chinesischen Sternzeichen zu werden. Allerdings ist sie simplen Gemüts und leidet unter Gedächtnisverlust, weshalb ihre Versuche, Mitglied zu werden, in der Regel lachhaft und absurd erscheinen. Eines Tages trifft sie auf den Oberschüler Takeru Tendo, der alleine in Akihabara lebt. Kurzerhand quartiert sie sich bei ihm ein und setzt ihr Vorhaben, ein Sternzeichen zu werden, unvermindert fort.

Moriko Morioka ist zu einem kompletten NEET geworden und auf der Suche nach einem erfüllenderen Leben stieß sie schließlich auf das bunte Treiben der Online-Welt in einem MMORPG. Hier beginnt Moriko ihr neues Leben als ein junger Mann mit seidenem Haar namens Hayashi. Doch ist sie ein derartiger Noob, dass sie unentwegt draufgeht und schließlich die Hilfe der liebenswerten Lily annehmen muss. Mit Lily an ihrer Seite nimmt ihr Online-Leben eine Wende zum Besseren. Doch auch im echten Leben macht ihr Leben eine Kehrtwende, als sie auf den blonden Schönling Yuuta Sakurai trifft.

Im Lande Astraea erwacht eines Tages der junge Yuki ohne eine Erinnerung an seine Vergangenheit. Doch er muss nicht lange suchen, um auf drei Mitstreiterinnen zu treffen, die kurz darauf mit ihm eine Gilde für Feinschmecker gründen: Die ihm treu ergebene Kokkoro, die ihn leiten möchte, die stets hungrige Schwertkämpferin Pecorine und die katzenohrige Karyl.

Nachdem Hiraku einer schweren Krankheit erliegt, schenkt Gott ihm neues Leben. Hiraku wird seine Gesundheit sowie Jugend neu gewährt und er wird in eine Fantasiewelt seiner Wahl geschickt. Außerdem übergibt ihm Gott das allmächtige Ackergerät, um seine zweite Chance zu nutzen und sein Leben umzupflügen.

Eines Tages hört Kronprinz Sieg aus heiterem Himmel die Stimmen der Götter. Offenbar ist seine Verlobte Lieselotte eine „tsun de rais“-Bösewichtin, die dem Untergang geweiht ist … und ihre scharfe Zunge ist nur ein Mittel, um ihre Verlegenheit zu verbergen. Der Prinz kann sich kaum beherrschen, als er Lieselottes liebenswerte und verborgene Seite entdeckt. Er ahnt nicht, dass die himmlischen Wesen, die ihm dieses Wissen vermitteln, in Wirklichkeit Oberschüler sind! Kann er ihre göttliche Prophezeiung nutzen, um seine Verlobte zu retten und ein böses Ende zu vermeiden?

Nachdem Hiraku einer schweren Krankheit erliegt, schenkt Gott ihm neues Leben. Hiraku wird seine Gesundheit sowie Jugend neu gewährt und er wird in eine Fantasiewelt seiner Wahl geschickt. Außerdem übergibt ihm Gott das allmächtige Ackergerät, um seine zweite Chance zu nutzen und sein Leben umzupflügen.

Nachdem Hiraku einer schweren Krankheit erliegt, schenkt Gott ihm neues Leben. Hiraku wird seine Gesundheit sowie Jugend neu gewährt und er wird in eine Fantasiewelt seiner Wahl geschickt. Außerdem übergibt ihm Gott das allmächtige Ackergerät, um seine zweite Chance zu nutzen und sein Leben umzupflügen.

Seiya Kanie ist ein Narzisst, wie er im Buche steht. Er hält sich für die Krönung der Schöpfung und hat von Frauen ein durchweg negatives Bild. So braucht es auch schiere Waffengewalt, dass er sich von seiner neuen Mitschülerin Isuzu Sento zu einem Date im Amagi Brilliant Vergnügungspark "überreden" lässt. Was er dort vorfindet ist ein Park, der seine besten Zeiten eindeutig hinter sich hat und in dem nur noch vereinzelte Besucher durch die Anlage mit ihren heruntergekommenen Attraktionen streifen. Dessen nicht genug endet sein enttäuschendes Date auch noch damit, dass er Latifah Fullanza, der jungen Managerin des Parks vorgestellt wird. Diese erklärt ihm nicht nur, dass es nun an ihm liegt die Anlage wieder populär zu machen, sondern eröffnet ihm auch den unglaublichen Hintergrund des Amagi Brilliant Vergnügungsparks und seiner Beschäftigten.

Der Schüler Soji Mitsuka hat eine Vorliebe für Mädchen mit zwei Zöpfen. Eines Tages trifft er auf ein geheimnissvolles und schönes Mädchen namens Thouars, welches aus einem Paralleluniversum kommt. Zur selben Zeit erscheinen Monster in der Stadt, die behaupten, dass alle Mädchen mit zwei Zöpfen ihnen gehören. Thouars leiht ihm für die Rettung der Menschheit und der Mädchen mit zwei Zöpfen das Tail Gear, eine imaginäre Rüstung, welche ihm die Kraft gibt sich in ein rotes Kriegermädchen mit übernatürlichen Kräften - und einem Twintail - zu verwandeln, um die Kreaturen zu bekämpfen.