Yuji Shinoda ist Godzilla-Spezialist und hat seinen Job gekündigt, um sich Vorhersagen über zukünftige Angriffe des Monsters zu widmen. Die Wissenschaftsjournalistin Yuki Ichonose hält dies für eine gute Sache und unterstützt ihn dabei. An Arbeit mangelt es den beiden nicht, denn schon bald taucht Godzilla aus den Fluten des Meeres auf und zerstört die ganze Stadt Nemuro. Verzweifelt versuchen die Wissenschaftler einen Zusammenhang zwischen dem Auftauchen Godzillas und einem sonderbaren Kometen herzustellen, der kurz zuvor in einem See entdeckt wurde. Während Godzilla sich auf den Weg zum Kernkraftwerk macht entpuppt sich der Meteor als gigantisches Ufo. Es attackiert Godzilla mit einem Hyperblast, der in aufs offene Meer trägt. Durch die enorme Wucht wird auch das Ufo stark beschädigt und es scheint als hätten sich die beiden Gegner selbst zerstört. Aber dann tauchen sie plötzlich wieder auf und die Finale Schlacht beginnt...

Einen merkwürdigen Stein entdeckt der Tokioer Schüler Koichi Uehara da in einem Flussbett. Und es wird noch merkwürdiger, denn der Brocken ist gar kein Stein, sondern ein Fossil. Als das seltsame Ding mit Wasser in Berührung kommt, erwacht aus ihm ein Kappa. Hundert Jahre döste die mythische, sehr seltene Wasserkreatur im Erdreich. Jetzt muss der putzige Langschläfer die moderne Welt entdecken. Der Junge und das Baby-Fossil freunden sich an, und auch die Familie schließt das kleine Geschöpf sofort ins Herz. Klein-Coo vermisst allerdings Gleichartige. In das großstädtische Leben fügt er sich nicht so recht ein. So nutzen die beiden Freunde einen schwülen Sommertag, um sich in ein Abenteuer auf der Suche nach Coos altem Zuhause zu stürzen.