Fujiko und Lupin werden von Malkovich entführt, einem berüchtigten, aus Alcatraz entflohenen Verbrecher, der Lupin zwingt, das "Bull's Eye", einen wertvollen Stein, zu stehlen.

Nur wenige Tage, bevor der neue Aussichtsturm »Spires« in Tokio für den Publikumsverkehr freigegeben werden soll, lokalisiert das »Attacked Mystification Police«-Department dort die Präsenz eines Lucifer Hawk – eines jeder Ungeheuer aus einer Parallelwelt, zu deren Bekämpfung die AMP von ihrer Chefin Rally Cheyenne ins Leben gerufen worden war. Entgegen Rallys ausdrücklicher Anweisung wagt sich AMP-Mitglied Katsumi Liqueur in ihrem Fluggerät allein in das Gebäude, um mit ihrer Waffe, dem »Schwertkönig Grospoliner«, den Feind zu stellen. Doch dieser konfrontiert sie mit ihrer eigenen Vergangenheit – der Zeit vier Jahre zuvor, als Katsumi aus Hawaii zurückkehrte, um ihre Mutter Fuyuka im Krankenhaus von Tokio zu besuchen, und dabei zum ersten Mal der AMP begegnete.

Was passiert, wenn ein Shinobi mit einer blutigen Vergangenheit und eine Prinzessin mit einer blutigen Zukunft aufeinander treffen? Blutrache. Rangiku ist die Tochter eines sehr talentierten Mannes. Seine lebensgroßen Marionetten sind mehr als nur Kunstwerke oder Unterhaltung, sie sind Waffen. Fürst Sadoyoshi Karimata hat von diesen mechanischen Kriegern gehört und unternimmt alles, einschließlich der Ermordung ihres Schöpfers, um sie in seine Hände zu bekommen! Jetzt ist Rangiku fest entschlossen, mit Hilfe eines herrenlosen Shinobis namens Manajiri Yasaburo, blutige Rache zu nehmen. Und wenn diese Prinzessin mit ihren Puppen spielt, dann fliegen Körper wie zerbrochenes Spielzeug durch die Luft.

Eine Attentatswelle erschüttert die Stadt: Die Opfer sind stets Polizisten, die durch Schüsse getötet werden. Da schnell der Verdacht aufkommt, dass hinter alldem ebenfalls ein Polizist steckt, versucht die Polizei alles, um so wenige Informationen wie möglich an die Öffentlichkeit durchsickern zu lassen. Auf einer Party an der Conan, die Familie Mori und Rans Freundin Sonoko teilnehmen, wird Kommisarin Sato vor Rans Augen niedergeschossen und schwer verletzt. Durch den Schock verliert Ran fast alle Erinnerungen an ihre Familie, Freunde und auch an Conan. Der Mörder ist sich jedoch bewusst, dass Ran eine gefährliche Zeugin ist und er sie so schnell wie möglich loswerden muss. Ran schwebt in Lebensgefahr! Während sich Takagi und Chiba als ihre Bodyguards abwechseln, versucht Conan den Täter zu enttarnen und Rans Erinnerungen zurückzuholen...

Eine geheimnisvolle Terroristengruppe hält die Stadt in Atem und dominiert mit einem Sprengstoffattentat auf ein Biolabor die Schlagzeilen. Um selbst wieder ins Blickfeld der Öffentlichkeit zu gelangen, fordert Sonokos publicitysüchtiger Onkel Jirokichi Suzuki seinen Erzrivalen Kaitô Kid öffentlich heraus: Kid soll versuchen, ihm medienwirksam den wertvollen Juwel „Lady Sky“ zu stehlen. Die Schwierigkeit besteht darin, dass sich sowohl der Edelstein als auch Suzukis Sicherheitsleute an Bord seines Zeppelins befinden, der von Tokio nach Osaka fährt. Auch Conan und seine Freunde dürfen dank Sonoko an der Fahrt teilnehmen. Doch schon bald wird aus der beschaulichen Luftreise ein lebensgefährliches Drama: Die Terrorgruppe entführt das Luftschiff und verkündet, in Besitz eines gefährlichen Krankheitserregers zu sein …

Ein Bombenanschlag auf die neue U-Bahn-Linie erschüttert Tokyo. Nur Conan bzw. Shinichi kann verhindern, dass jemand bei der Explosion zu Schaden kommt. Schnell erhärtet sich der Verdacht, dass das Attentat in Zusammenhang mit einem Dammbau in Kitanosawa steht. Also fährt Conan mit seinen Freunden zum Schneefestival in das Dorf, um sich einen Überblick über die Lage zu verschaffen. Doch während die Detective Boys noch den Schnee genießen, wird eine Leiche gefunden. Conan muss so schnell wie möglich herausfinden, wer der Mörder ist und worauf er es eigentlich abgesehen hat. Denn dem ganzen Dorf droht eine noch viel größere Gefahr.

Der böse Wissenschaftler Dr. Willow will mittels seiner schrecklichen Biotechnologie die Weltherrschaft erringen. Da dessen Körper bereits starb lebt Willows Gehirn in einem Glasbehälter. Um seinen bösen Plan zu verwirklichen sucht er nun den stärksten Körper auf Erden, um in diesen sein Gehirn zu implantieren. Dr. Willows Assistent Kochin und dessen Bio-Cyborgs nehmen Piccolo und Muten-Roshi gefangen. Son Goku, Son Gohan und Kuririn versuchen, ihre Freunde aus den Fängen Dr. Willows zu befreien. Doch nicht nur, dass Dr. Willow sich nun Son Gokus Körper zu eigen machen will, auch Piccolo wird bereits von ihnen kontrolliert. Werden unsere Helden den Machenschaften Dr. Willows ein Ende setzen oder ihren Verstand verlieren?

Studienanfängerin Hiromi schließt sich dem Tennisclub an, da sie unbedingt in Ryuzakis Nähe sein will. Der Student Ryuzaki ist der beste Tennisspieler aus dem ganzen Team und wird auch »Ochofujin« (»Madame Butterfly«) genannt, da er mit einer unglaublichen Eleganz über den Platz schreitet. Der neue Trainer Jin Munakata will, dass die unerfahrene Hiromi an einem bevorstehenden Turnier mitspielt. Hitomi überlegt, ob sie das Tennisspielen ganz aufgeben sollte, doch tief in ihrem Herzen weiß sie, dass sie Tennis über alles liebt. Sie kehrt in den Club zurück und dank Munakatas Hilfe beginnt sie ihr ganzes Talent zu entfalten. Allmählich entwickelt Hiromi eine starke emotionale Bindung zu ihrem Trainer, auch wenn sie noch nicht weiß, dass dieser aufgrund einer chronischen Erkrankung sein Leben riskiert.

Conan und seine Freunde sind auf der Jungfernfahrt eines neuen Luxusdampfers dabei. Schon beim Stapellauf ereignet sich ein seltsamer Unfall, später treibt ein Mörder auf dem Schiff sein Unwesen. Kann Conan den Fall knacken bevor das Schiff den nächsten Hafen erreicht?

Jahre nach den Ereignissen von Megazone 23 Part II, existiert nur noch eine Stadt auf der Erde: Eden. Dort lebt Eiji Takanaka, ein B-Level Hacker welche gerade in EX, die Organisation die Eden kontrolliert, aufgenommen wurde. Noch vor seinem ersten Arbeitstag wird er in einen alten Krieg um die Wiederbesiedlung der Erde verstrickt.

Ein Kidnapping-Anschlag auf die Tochter eines reichen japanischen Geschäftsmannes geht schief. Stattdessen wird Maria, das Double der asiatischen Schönheit entführt. Niemand kümmert sich um die entführte junge Frau. Der Bodyguard Luke beschließt, Maria auf eigene Faust und mit seinen Methoden zu befreien. Er will den Kidnappern die echte Tochter bringen und dafür Maria retten. Doch dieser Plan geht gründlich schief.

Die Amerikaner testen erfolgreich eine neuartige, Laser gestützte Raketen-Abwehr aus dem Weltall. Die Russen sehen sich bedroht und entführen daraufhin den Leiter des Abwehr-Projektes. Die Amerikaner sehen sich gezwungen das U-Boot auf dem der entführte Wissenschaftler gefangengehalten wird zu versenken. Die Russen fühlen sich angegriffen und der gesundheitlich angeschlagene russische Präsident wird von seinem Verteidigungsminister in einem kurzem Putsch seines Amtes enthoben. Die Russen greifen an und binnen kurzer Zeit schaukelt sich der Konflikt zu einem weltweiten Atom-Krieg hoch ...