Dieser 3D-modellierte Anime spielt in der »Insonity Progressive Revolution«, ein Zeitalter, wo Menschen sich zu neuen Spezies, genannt Adapters, weiterentwickelt haben. Drei sehr junge Adapter-Mädchen aus Japan, China und Frankreich begeben sich auf ein Weltraumabenteuer, wovon auch die restlichen Adapters betroffen sein werden …

Hanasaki Tsubomi geht in die zweite Klasse der Mittelschule und liebt Pflanzen, insbesondere Blumen. Eines Tages hatte sie einen komischen Traum von einem großen Baum in voller Blüte. Plötzlich verwelkten die Blüten und die Geister des Baumes flogen davon. Ein paar Tage später, nachdem Tsubomi auf die Myodou-Schule gewechselt ist, tauchen diese Geister, die sie im Traum gesehen hatte, vor ihr auf und bitten sie, eine legendäre Kriegerin Pretty Cure zu werden und den »Großen Baum der Herzen« zu verteidigen. Tsubomi lehnt mit der Begründung ab, sie könne das nicht alleine machen. Wie es der Zufall will, greift während dieses Gesprächs ein unbekannter Feind an und die Herzblume von Tsubomis neuer Klassenkameradin, Kurumi Erika, wird gestohlen. Um Erika zu retten, bleibt ihr keine andere Wahl, als zu einer Pretty Cure, namens Cure Blossom, zu werden und zu kämpfen.

Neo-Venezia ist eine Stadt auf dem kolonisierten Planeten Aqua, der im Stil Venedig nachempfunden ist. Gondeln, deren Lenker Undine genannt werden, bilden ein wichtiges Verkehrsmittel; und die Ausbildung der Lenker gliedert sich in die Abschnitte als Pair, die beiderseits jeweils einen Handschuh tragen, über die Single, die nur an einer Hand einen Handschuh tragen, bis hin zu ausgebildeten Undinen, die keine Handschuhe tragen und selbständig Fahrgäste befördern dürfen. Die Hauptfigur ist die junge Akari Mizunashi, die als Single für die Gondelgesellschaft Aria Company unter der Leitung von Alicia tätig ist.

Seit eine Patientin ihm die Frage gestellt hat, wie es wohl wäre, als Kind eines Stars wiedergeboren zu werden, ist der Arzt Goro Hardcore-Fan des Idols Ai aus der Gruppe B-Komachi. So kann er es auch kaum glauben, als eben diese eines Tages in seinem Beratungszimmer des ländlich gelegenen Krankenhauses auftaucht! Nicht nur das, sie ist schwanger und möchte die anstehende Geburt ihrer Zwillinge vor der Öffentlichkeit geheim halten, um bald wieder auf die Bühne zurückzukehren. Goro weiß allerdings noch nicht, dass das Schicksal für ihn bald eine weitaus größere Veränderung in seinem Leben bereit hält …

Itou Makoto ist ein schüchterner Teenager, dem das nötige Selbstvertrauen fehlt. Dabei ist er schon lange verliebt in das Mädchen, mit dem er jeden Tag mit dem Zug in die Schule fährt.