Najica Hiiragi ist eine erfolgreiche Duftdesignerin – und eine Topagentin. Beide Berufe erledigt sie als Angestellte der Firma CRI Cosmetics. Bislang hat Najica ihre geheimen Operationen stets als Einzelkämpferin erledigt, doch eines Tages erhält sie von ihrem Chef Jin Majima einen Auftrag, der ihr Leben verändern wird. Sie soll einem jungen Mädchen helfen, das von einer geheimen Sicherheitsorganisation entführt wurde. Bei dem Mädchen handelt es sich in Wirklichkeit um einen Humaliten, einen Androiden mit übermenschlichen Fähigkeiten.

Zu Beginn des neuen Schuljahres in der Grundschule Nr. 9 werden für die Sechstklässler die Zuständigkeiten verteilt: Klassensprecher, Füttern der Haustiere - und das jeweilige Mitglied im Anti-Alien-Team, welches einen Alien-Symbionten wie einen Helm aufsetzen muss. Dieser Symbiont ernährt sich vom Schweiß der Haut seines Partners, den er mit seiner langen Zunge ableckt; im Gegenzug verleiht er seinem Träger allerdings Schutz im Kampf gegen andere Aliens. Denn diese einzufangen, sobald sie auf der Erde gelandet sind, ist die Aufgabe dieses Teams. Während sich die lebhafte Toomine Kasumi und die ernste Kawamura Kumi freiwillig für diese Aufgabe gemeldet haben, wurde die ängstliche Ootani Yuri gegen ihren Willen ausgewählt. Und der Einsatz gegen diese fremden Wesen verlangt einen hohen emotionalen Preis von diesen jungen Mädchen.

Zwei kleine Hexen, Chocolat und Vanilla, werden in die Menschenwelt geschickt. Dort sollen sie einen Wettkampf austragen, der entscheiden soll, wer von den beiden die nächste Königin der Hexenwelt wird. Hierfür müssen sie dafür sorgen, dass die Jungen aus ihrer Schule sie mögen, damit sie deren Herzen in Kristalle verwandeln können. Hört sich einfach an, oder? Aber durch Chocolats ausfallende Persönlichkeit und Vanillas Schüchternheit ist es schon eine Herausforderung einen Tag zu überstehen, ohne dass etwas schief geht. Man nehme etwas sinnlose Magie, einen Haufen verrückter Charaktere, einen geheimnisvollen Oberschüler namens Pierre und man hat »Sugar Sugar Rune«!