In naher Zukunft kommunizieren die Menschen in der Regel über Monitore und zwischenmenschliche Interaktion wird zu einem immer selteneren Ereignis für die in einer fast totalitären Gesellschaft lebenden Bürger. Die Monitore sind dabei nicht nur ein Fenster in die Welt für die Bewohner, sondern auch ein Fenster in die Häuser für den Staat, der seine Bürger auf Schritt und Tritt überwacht. Hazuki Makino ist geprägt von diesem System, fällt es der Schülerin doch schon schwer reale Beziehungen aufzubauen. Als Yuuko Yabe, eines der Mädchen aus ihrer Schulgruppe, verschwindet, kommt es zufällig dazu, dass sie Kontakt mit den anderen Mitgliedern derselbigen aufnimmt, namentlich Mio Tsuzuki, einer Hackerin, und Ayumi Kouno, die wenig Interesse an ihren Mitmenschen zeigt. Gemeinsam versuchen sie hinter das Geheimnis von Yuukos Verschwinden sowie einer Reihe von damit in Verbindung zu stehen scheinenden Morden an High School Schülern zu kommen.

Eines Tages, bekommt Mana von ihrer Mutter und Großmutter ein Hochzeitskleid geschenkt, dass beide damals getragen haben. Während Mana darüber nachdenkt, wann sie es einmal tragen wird, erscheint auf einmal ein mysteriöser Mann namens Matthew und schickt Mana zurück in die Vergangenheit. Sie ist glücklich ihre Großmutter, die sie liebte und ihren Hund Maro wiederzusehen, aber sie realisiert schnell, dass Rikka und Alice nicht bei ihr sind, denn ihre Erinnerungen wurden verändert. Um ihre wertvollen Erinnerungen, die Zukunft, Träume und Hoffnungen zu retten, muss sich Mana in Cure Heart verwandeln und Matthew aufhalten.

Kasahara Iku und Dojo Atsushi erhalten, während ihres Dates, ein Notfallanruf, dass ein Terroranschlag Japan erschüttert hat. Ihre neue Aufgabe ist es, den berühmten Autoren Touma Kurato, zu schützen. Unterdessen verschlechtert sich die Beziehung zwischen den Bibliothekaren und dem Meda Bettermant Committee.