Auf dem Weg ins Manöver wird eine Armee-Einheit, ausgerüstet mit den modernsten Waffen, durch einen kosmischen Magnetstrom 400 Jahre in die Vergangenheit versetzt, doch Leutnant Iba und seine Männer merken vorerst nichts davon. Erst als sie von Samurai-Kriegern angegriffen werden, wird ihnen klar, in welcher Lage sie sich befinden...

Ein U-Boot sucht den Meeresgrund nach den Trümmern von Mechagodzilla ab. Doch die Außerirdischen sind den Menschen zuvor gekommen. Sie haben mit Hilfe des wahnsinnigen Wissenschaftlers Dr. Mafune das mechanische Riesenmonster wieder aufgebaut. Gleichzeitig hat Mafune einen gefährlichen Titanosaurus unter seiner Kontrolle. Gemeinsam versuchen sie nun die Macht über die Menschheit zu übernehmen. Doch Godzilla stellt sich erneut dem Kampf gegen die übermächtigen Feind. Ein gigantisches Duell beginnt...

Japan 1581: Auf Befehl des Fürsten Hideyoshi zerschlägt der grausame Samurai Shogen (Sonny Chiba) den Clan der Momochi. Der kleine Takamaru kann dem Blutbad entkommen und nach China fliehen. Dort erlernt er die Kampfkunst. 20 Jahre später kehrt Takamaru (Hiroyuki HenrySanada) in seine Heimat zurück. Bei einem Ninja-Meister verfeinert er seine Technik. Takamaru vereint die Ninja um sich. Gemeinsam wollen sie den Tyrannen stürzen. Die Zeit der Rache ist gekommen…