Die Geschichte in Kannagi: Crazy Shrine Maidens dreht sich um unseren jungen, vom Pech verfolgten Protagonisten Jin, der eines Tages den Stamm eines heiligen Baumes aus dem Schrein nimmt, um eine Statue für sein Schulprojekt zu schnitzen. Zu seiner Überraschung verwandelt sich das Stück Holz in ein Mädchen, das, wie sich herausstellt, die Göttin dieses Baumes ist. Sie ist nicht sehr begeistert über die Abholzung und zieht kurzerhand bei Jin ein. Dort lässt sie ihren Launen freien Lauf...

Die Geschichte handelt von Ryner Lute, einem teilnahmslosen Schüler der Roland Imperial Special Academy. Eines Tages beginnt das Roland Empire einen Krieg gegen das benachbarte Reich Estaboole, dem viele von Ryners Mitschülern zum Opfer fallen. Nach dem Krieg zieht er im Auftrag des Herrschers Sion ASTAL los, um die Relikte eines „legendären Helden“ zu suchen. Während dieser Suche findet er allerdings heraus, dass sich ein tödlicher Fluch über das Land ausbreitet…

Frisch auf der High School steht die verträumte Yui vor der Qual der Wahl, welchem Club sie sich anschließen soll. Eine besonders schwierige Entscheidung, da sie eigentlich weder besondere Interessen noch ausgeprägte Talente besitzt. Von falschen Vorstellungen geleitet, verschlägt es sie in den Clubraum des Musikclubs, wo Ritsu, Mio und Tsumugi schon sehnsüchtigst auf ein neues Mitglied warten, um ihren Club vor der Auflösung zu retten. So stört auch der Umstand nicht, dass Yui weder ein Instrument spielen noch Noten lesen kann und sie wird nach ein wenig Überzeugungsarbeit kurzerhand als Gitarristin rekrutiert, was ihrem Leben in der Folge neuen Schwung verleiht.

Shouyou Hinatas Liebe zum Volleyball entflammt, als er zufällig ein Spiel der Karasuno Oberschule bei den nationalen Meisterschaften im Fernsehen sieht. Besonders der Spieler mit dem Spitznamen Little Giant hat es ihm angetan und er beschließt, ihm nachzueifern. Das von Hinata gegründete Mittelschulteam hat jedoch nur wenige Mitglieder und dennoch haben sie es irgendwie geschafft, bis zum ersten regulären Spiel ihrer Mittelschule zu bestehen. Bei ihrem ersten und zugleich letzten Spiel wird das Team um Hinata von Tobio Kageyama, dem Spieler mit dem Titel „König des Feldes“ und dessen Team, vernichtend geschlagen. Hinata schwört, sich in der Oberschule an Kageyama zu rächen und fängt an, hart zu trainieren, damit er an seiner Wunsch-Oberschule Karasuno angenommen wird. Als er endlich dem Volleyball-Club der Karasuno-Oberschule beitritt, erlebt er eine faustdicke Überraschung: Sein Erzfeind Kageyama spielt mit ihm im selben Team!

Königin Aphrodite hat die magischen Noten des Legendary Score, von dem jedes Jahr die »Melodie der Glückseligkeit« gesungen wird, in alle Winde zerstreut, um sie dem Zugriff des finsteren Mephisto entziehen. Nicht ohne Grund schickte sie die Noten in die Welt der Menschen, denn dort warten mächtige Verbündete, die den Schutz der Noten sicherstellen sollen: Pretty Cure. Die Fee Hummy wird den Noten hinterher geschickt um die Precures zu finden, doch auch Mephisto bleibt nicht untätig und schickt seinerseits seine Schergen hinterher, um die Noten zuerst zu bekommen und sie zur »Melodie der Sorgen« umzuwandeln, die die ganze Welt in Trauer und Verzweiflung stürzen soll. Die erwählten Kämpferinnen Hibiki und Kanade, die ihr Schicksal als neue Precures annehmen, sind zwar eigentlich beste Freundinnen, aber auch ziemliche Streithähne. Da sie ihre Kräfte nur in völliger Harmonie richtig einsetzen können, stellt das ein gewisses Problem dar.

Saku Ooyagi kehrt nach sieben Jahren in seine Heimatstadt zurück und trifft dort auf seine Kindheitsfreundin, die stürmische Mihoshi Akeno. Ihr Wiedersehen verläuft allerdings alles andere als fröhlich, ist doch seine letzte Erinnerung an sie, wie sie von einem Baum fällt und er ihr nachspringt, um sie zu retten. Ungeachtet dieses Vorfalls setzt Mihoshi alles daran, ihre alte Freundschaft fortzusetzen und nötigt Saku dazu ihrem Astronomieklub beizutreten.

Saku Ooyagi kehrt nach sieben Jahren in seine Heimatstadt zurück und trifft dort auf seine Kindheitsfreundin, die stürmische Mihoshi Akeno. Ihr Wiedersehen verläuft allerdings alles andere als fröhlich, ist doch seine letzte Erinnerung an sie, wie sie von einem Baum fällt und er ihr nachspringt, um sie zu retten. Ungeachtet dieses Vorfalls setzt Mihoshi alles daran, ihre alte Freundschaft fortzusetzen und nötigt Saku dazu ihrem Astronomieklub beizutreten.

Saku Ooyagi kehrt nach sieben Jahren in seine Heimatstadt zurück und trifft dort auf seine Kindheitsfreundin, die stürmische Mihoshi Akeno. Ihr Wiedersehen verläuft allerdings alles andere als fröhlich, ist doch seine letzte Erinnerung an sie, wie sie von einem Baum fällt und er ihr nachspringt, um sie zu retten. Ungeachtet dieses Vorfalls setzt Mihoshi alles daran, ihre alte Freundschaft fortzusetzen und nötigt Saku dazu ihrem Astronomieklub beizutreten.

Seiya und die Krieger des Zodiac sind erneut dazu berufen, die Reinkarnation der Göttin Athena zu beschützen. Doch eine düstere Prophezeiung schwebt über ihnen.